上海(2)
1.九段沙湿地国家级自然保护区
2.崇明东滩鸟类国家级自然保护区
江苏(3)
1.盐城沿海滩涂珍禽国家级自然保护区
2.大丰麋鹿国家级自然保护区
3.泗洪洪泽湖湿地国家级自然保护区
浙江(9)
1.清凉峰国家级自然保护区
2.天目山国家级自然保护区
3.南麂列岛海洋国家级自然保护区
4.乌岩岭国家级自然保护区
5.大盘山国家级自然保护区
6.古田山国家级自然保护区
7.凤阳山-百山祖国家级自然保护区
8.九龙山国家级自然保护区
9.长兴地质遗迹国家级自然保护区
10.象山韭山列岛晋升国家级自然保护区（公示期）
安徽(6)
.1.鹞落坪国家级自然保护区
2.古牛绛国家级自然保护区
3.扬子鳄国家级自然保护区
4.金寨天马国家级自然保护区
5.升金湖国家级自然保护区
6.铜陵淡水豚国家级自然保护区
江西(8)
1.鄱阳湖候鸟国家级自然保护区
2.桃红岭梅花鹿国家级自然保护区
3.九连山国家级自然保护区
4.江西武夷山国家级自然保护区
5.井冈山国家级自然保护区
6.官山国家级自然保护区
7.马头山国家级自然保护区(2008年1月14日)
8.鄱阳湖南矶湿地国家级自然保护区(2008年1月14日)
9.齐云山保护区（2009年申报晋升）
湖北(11)
1.青龙山恐龙蛋化石群国家级自然保护区
2.神农架国家级自然保护区
3.五峰后河国家级自然保护区
4.石首糜鹿国家级自然保护区
5.长江天鹅洲白鱀豚国家级自然保护区
6.长江新螺段白鱀豚国家级自然保护区
7.星斗山国家级自然保护区
8.九宫山国家级自然保护区
9.七姊妹山国家级自然保护区(2008年1月14日)
10.洪湖湿地国家级自然保护区
11. 龙感湖国家级自然保护区(2009年9月18日)
湖南(17)
1.炎陵桃源洞国家级自然保护区
2.东洞庭湖国家级自然保护区
3.壶瓶山国家级自然保护区
.4.张家界大鲵国家级自然保护区
5.八大公山国家级自然保护区
6.莽山国家级自然保护区
7.永州都庞岭国家级自然保护区
8.小溪国家级自然保护区
9.黄桑国家级自然保护区
10.乌云界国家级自然保护区
11.鹰嘴界国家级自然保护区
12.南岳衡山国家级自然保护区
13.借母溪国家级自然保护区(2008年1月14日)
14.阳明山国家级自然保护区(2009年9月18日)
15.八面山国家级自然保护区(2008年1月14日)
16.六步溪国家级自然保护区(2009年9月18日)
17.舜皇山国家级自然保护区(2009年9月18日)
18.高望界省级自然保护区晋升国家级（进入公示期）
重庆(4)
1.缙云山国家级自然保护区
2.大巴山国家级自然保护区
3.长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*
4.金佛山国家级自然保护区
四川(23)
1.龙溪－虹口国家级自然保护区
2.白水河国家级自然保护区
3.攀枝花苏铁国家级自然保护区
4.画稿溪国家级自然保护区
5.王朗国家级自然保护区
6.唐家河国家级自然保护区
.7.马边大风顶国家级自然保护区
8.长宁竹海国家级自然保护区
9.蜂桶寨国家级自然保护区
10.卧龙国家级自然保护区
11.九寨沟国家级自然保护区
12.小金四姑娘山国家级自然保护区
13.若尔盖湿地国家级自然保护区
14.贡嘎山国家级自然保护区
15.察青松多白唇鹿国家级自然保护区
16.亚丁国家级自然保护区
17.美姑大风顶国家级自然保护区
18.长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*
19.米仓山国家级自然保护区
20.雪宝顶国家级自然保护区
21.花萼山国家级自然保护区
22.海子山国家级自然保护区(2008年1月14日)
23.长沙贡玛国家级自然保护区(2009年9月18日)
24.屏山县老君山（申请晋升）
