佛教经朝鲜传到日本以后，起初并非一种以教义为核心的宗教，而只是对佛像和佛经等的信仰和崇拜。贵族们曾经利用佛教作为政治斗争的工具。日本政府当时认为佛能镇护国家、保护王室,因而在8世纪初发布“僧尼令”,把佛教变成国教,从而使佛教思想占了优势。这时，日本原有的神道教虽然继续流传，但实际上处于佛教思想的指导之下。
到了奈良时代，佛教与政治结合得更加紧密，加强了作为国教的地位。神道教和佛教这时开始在教理上调和、折衷，但是神道仍然被置于从属的地位。日本对佛经内容的认真研究,始于平安朝（8世纪）。9世纪初,名僧最澄和空海来中国（唐朝）留学，回日本后分别创立了天台宗和真言宗，在日本确立和传播大乘佛教。日本的天台宗与中国的虽然名字相同，教义却有所区别。
日本的佛教哲学,也是建立在所谓“世界无别法,唯是一心作”和“一念三千”等唯心主义观点的基础上的。天台、真言两宗除被赋予“镇护国家”的任务外，在当时日本人的生活中还作为世界观来看待。这时候佛教在日本获得了独立活动的地位。到10世纪，出现了关于净土观念的说教，佛教思想开始渗透到平民中间去，神道教和佛教的调和、结合也有所发展。 镰仓时代至明治维新的哲学 进入镰仓时代，由于平安朝的贵族势力衰退,封建关系在地方上逐渐发展,形成了武士阶级。到13世纪，社会动荡不安，农民生活困苦，产生了简化宗教仪式的要求。宗教界适应这种形势，开始出现新的动向。过去主要以贵族为对象的日本佛教，这时兴起了面向民众的思想，于是出现了净土宗、禅宗、真宗、日莲宗、时宗等派别。从平安时代到镰仓时代，日本的哲学思想主要以佛教教义为特征，实际上是宗教迷信，还谈不上真正哲学意义上的世界观。哲学意义上的世界观后来在佛教禅宗与中国宋明理学结合的时候才开始出现。
17世纪,德川幕府巩固了封建制度以后,儒学取代佛教而成为维护幕府统治的思想主流，作为支配士(武士)、农、工、商这四民的意识形态,影响越来越大。当时,日本的儒学体系主要分为朱子学派、阳明学派和古学派；朱子学是官学，长期占居主导地位。此外，还出现了复古神道和一些独立的学派和学说。 ① 朱子学派。藤原惺窝是这个学派的先驱，他的学生林罗山在使朱子学成为德川幕府的官学方面，起了很大的作用。这个学派的一些代表人物在同佛教和神道教斗争中，曾经用理性主义去批判非理性主义。这一学派内部，也存在过唯物主义倾向和唯心主义倾向的矛盾，如安东省庵、贝原益轩等人虽然都从朱熹的理气观出发，最后却把自己的宇宙观归结为理、气合一说，接近于唯物主义；斋' class=link>山崎斋、三宅尚斋却把自己的世界观归结为理一元论，陷于唯心主义。山崎斋和水户学派甚至把朱子学完全神道化了。水户学提倡“大义名分”论，它的尊王攘夷思想有助于重新巩固封建统治。当时日本的封建阶级企图用朱子学把封建等级制度合理化,但是,到17世纪，随着商品生产的日益发展和商人的抬头，朱子学便开始逐渐丧失影响，代之而起的是古学派。
② 古学派。这一派的哲学家排斥汉唐以后的儒学。代表人物有山鹿素行、伊藤仁斋和荻生徂徕。仁斋和徂徕都用气一元论去反对朱熹的理气观。这派学者以民间异端思想家的姿态出现，代表非当权派，名义上提倡复古，实际上是对日本朱子学派发动了一场哲学革命。此外，还出现了朱子学派的另一个反对派──阳明学派。
③ 阳明学派这个学派由中江藤树开创,主张阳明学的良知说。其他代表人物有熊泽蕃山、佐藤一斋、大盐平八郎等。幕府末期的志士吉田松阴等人也受过阳明学的影响，大盐曾经领导大阪的贫民和郊区农民起义。这一派的学者并非自觉地组成一个集团，而是各自信仰王阳明的学说，其中有的人在方法论上具有一些辩证法因素。阳明学在中国一般说来是起了消极的作用，但是，日本的阳明学派却在一定程度上推动了社会的进步。
④ 复古神道。在17世纪,德川幕府前期,与尊王论相关联，出现了复古神道。这种神道反对以往神道依附于佛教或儒教，反对用儒、佛思想解释日本的古典和神道。这派思想首先由神官荷田春满倡导，贺茂真渊、本居宣长加以发展，集大成者是平田笃胤。他们依据《古事记》等日本古籍所记载的神话，提倡“日本精神”哲学，鼓吹“皇国之道”，宣扬“皇国精神”。他们声称，日本的神道出自神灵,只有这种道才是“真实之道”;日本民族是天照大神的后裔，应当统治世界。这种神道理论在德川幕府末期成了尊王思想的一大支柱，对明治维新时王政复古有很大的影响。明治维新(1868)以后，作为国家神道的神社神道，基本上继承了复古神道的理论，使这种充满宗教迷信的理论，成为这个时期支配日本民众的思想武器，并且为军国主义者、法西斯主义者对外侵略所利用。
⑤ 非传统诸学派。17～18世纪，还出现了一些独立的学派和学说。从18世纪20年代前后起，西方的书籍开始流入日本，许多日本学者研究兰学，即通过荷兰语研究西方学术的学问，接受西方自然科学等方面的知识，引起了世界观方面的变化，出现了一些具有批判精神、自我意识或唯物主义思想萌芽的、不属于任何传统学派的思想家，如安藤昌益、富永仲基、三浦梅园、皆川淇园、司马江汉、山片蟠桃、镰田柳泓等。在整个德川时代 260多年间，只有安藤昌益彻底地批判、否定了封建制度及其意识形态，他站在劳动农民的立场上提出了无统治无剥削的绝对平等的社会观；富永仲基认识到思想的基础是物质，并且把这种认识运用到他的历史方法中；三浦梅园富于独创精神，建立了“条理学”；皆川淇园根据他对《周易》的“开物成务”的理解，创立了“开物学”，并且完成了日本最初的范畴论；司马江汉是具有唯物主义色彩的、先进的市民思想家，具有自然科学物理学的自然哲学见解，提倡地动说；山片蟠桃是无神论者、唯物主义者，成为日本实学的先驱；镰田柳泓知识渊博，不仅批判儒学、神道和佛教，而且在说明知识和感官的关系方面接近了唯物主义。此外，在18世纪上半叶，随着商人地位的进一步提高，出现了心学，它的代表人物是石田梅岩、手岛堵庵、中泽道二等。他们都是工商业者的思想家，认为“节约”、“正直”、“勤勉”这些都是人生而具有的美德，是在封建制度下士、农、工、商四民通有的心。他们的思想尚未达到否定封建制度，但已含有人间平等的思想。上述独立的学派和学说，为无神论和唯物主义哲学在明治维新以后的发展准备了一定的思想条件。
在德川幕府以前约1000年间，主要是唯心主义支配了日本人的思想。但是，随着德川幕府的崩溃，幕府的官方思想体系朱子学也丧失了统治地位。
