一、秦始皇焚书坑儒为何?
答：钳制思想。
解析：
1.焚书
a.起因：
始皇三十四年﹝西元前二一三年﹞，由于博士争辩郡县与封建之间的利弊，当时宰相李斯认此举损及主上威势，扰乱人心，阻碍法令推行，乃建议焚书。
b.结果：
所焚之书乃各国史书及诗书百家语，并颁令：「偶语诗书者弃市，以古非今者族」﹝法令语译：两人谈论诗书者「斩」，以古代人、事批评今日时政者，诛父母、兄弟、妻子三族。﹞，只留下种树、医药、卜筮之书不烧，若百姓想学法令，以吏为师。
2.坑儒
a.起因：
始皇三十五年﹝西元前二一二年﹞，方士在始皇背后毁谤其不德，加上听说儒生也有不敬言词。
b.结果：
故在咸阳坑杀文学方术士，四百六十余人。
二、只留下医学书?
答：并非只留下医学，而是留下医药、卜筮、种树之书不烧。
解析：
秦始皇本身就很迷信，坑儒乃是遣方士入海寻求长生不老药与神仙，引起非议所致，「医药与卜筮」都与此有关系，自然秦始皇不会去烧它，至于不烧「种树」，乃因为种树之书是指农业方面的书，乃攸关帝国生产与经济命脉，秦始皇自然也不会去烧它。
公元前221年，中国历史上第一个大一统的专制王朝秦朝建立。由于当时社会上百家争鸣，严重的阻碍了秦始皇对征服的原六国民众思想的统一，并威胁到了秦朝的统治。
公元前213年秦丞相李斯进言，说诸子百家「入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤。」
于是，秦始皇为了统一原六国人民的思想，于当年开始销毁除法家以外的所有诸子百家的著作，一直到公元前206年秦朝灭亡，史称「焚书」
（《史记》卷六《秦始皇本纪》：臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉诣守、尉杂等烧之。有敢偶语《诗》、《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与其同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药、卜筮、种树之书。若欲有学法令，以吏为师。）。
而在焚书开始的第二年，即公元前212年，秦始皇为了进一步排除不同的政治思想和见解，在当时秦首都咸阳将四百六十余名儒士和方士坑杀，史称「坑儒」。
另有一说，秦始皇力求寻找长生不老之药，派遣徐福、侯生、卢生等方士求仙问药。
但侯生、卢生不满秦始皇的统治方式，私自逃跑（亦有史料记载为侯生、卢生多年寻药未果而出逃），导致秦始皇大怒，下令拷问咸阳400多名书生，欲寻侯生、卢生。事后，将相关460名书生以巨石掩埋。