县交通运输局为了有效履行其职责，内部设有四个主要部门:
1. 办公室: 负责各类行政事务，如文秘、财务、会务管理，保密和档案工作，以及政务公开、目标绩效管理等。它还负责机构编制、人事管理、教育培训，以及离退休人员的服务工作。此外，办公室还负责专项资金、非税收入等财务管理，并负责预算、决算的编制与监督，以及内部审计工作，包括交通建设项目和建设资金的审计。
2. 法规安全股: 主要负责交通运输法规的执行和制定实施办法，管理运政、路政、海事执法工作，提供行业法律咨询和处理行政争议。此部门还负责法律法规宣传教育和水上交通安全监管，参与安全事故调查处理，并负责交通体制改革的相关工作。
3. 综合规划股（交通战备办公室）: 主要负责中长期交通运输发展规划和年度计划的编制，负责交通基础设施建设项目申报与管理，包括专业技术人员的培训和技术职称申报，同时负责交通战备、环保和行业统计工作。
4. 基本建设管理股: 负责对公路、水路交通基础设施的市场监管，负责农村公路和水路建设、维护的制度和技术标准制定，确保工程质量与安全，管理相关技术标准和定额，参与工程设计审核和竣工验收。