蚌埠市林业局设有三个主要内设部门，分别为办公室、造林工程科（市绿化委员会办公室）和资源林政管理科（行政审批科），各自承担着不同的职责。
首先，办公室主要负责机关的日常运营，包括处理文电、会务、机要事务、档案管理等。同时，它还负责宣传、信息、安全保密、信访等工作。在资金管理方面，办公室监管全市林业资金，并监督其有效使用。此外，它还负责机关和直属单位的机构编制、人事管理，以及林业人才培训和计划生育等工作，包括退休人员的管理工作。
其次，造林工程科（市绿化委员会办公室）聚焦林业生态建设，执行国家和省的政策，制定中长期规划和年度计划。该科室负责植树造林、封山育林，推动生态补偿制度实施，以及在自然灾害后的重建工作。此外，他们还负责林业统计和指导全市林业经济分析，以及国有林场的建设和管理，组织指导全民义务植树和部门绿化工作。
最后，资源林政管理科（行政审批科）承担森林资源保护管理任务，制定相关政策并监督执行。科室负责森林资源调查、限额管理，监督林木采伐和运输，审批林地征用占用，并负责林业产业规划和质量监督。此外，他们还负责林业改革和农村林业发展，指导集体林权制度改革和权益维护工作，以及林地林木承包经营的监督和纠纷调处。
机关党委则负责局机关和下属单位的党群工作，确保党的方针政策在林业工作的全面贯彻执行。