因有盐、丹之利和乌、郁江水道之便，上古是民之国地。商至春秋属巴。战国属楚黔中郡。
秦始皇二十六年（前221年），秦始皇帝统一中国后，全国划分为36郡，重置黔中郡，彭水属之。
汉加强郡县制。西汉建元初（前140年），武帝置涪陵县，沿今郁山镇，属巴郡，辖今彭水、黔江、酉阳、武隆、石柱、沿河、印江、思南、正安、务川、道真等区、县和秀山县西部，面积约3.50万平公里。因伏牛山和中清、后江河两盐水而得名。新莽始建国元年（9年）改涪陵县为巴亭，东汉建武元年（25年）复置。建安六年（201年），置巴东属国都尉，治今彭水县城，析涪陵县地置涪陵（治今彭水县城）、永宁（治今贵州省德江县上费溪）、丹兴（今黔江区）、汉葭（治今郁郁山镇）4县属之。
蜀汉承汉制。章武元年（211年）改巴东属国为涪陵郡，仍治今彭水县城，改永宁为万宁，析涪陵县地置汉复县（治今沿河县洪渡镇一带），彭水地属涪陵郡。延熙十三年（250年），析涪陵县地置汉平县（今武陵县）。
晋承蜀制。太康元年（280年），省丹兴县入涪陵县。咸和三年（328年）始，今黔江、彭水等地少数民族起义并占领涪陵郡地，直到北周保定四年（564年）“蛮州”田思鹤“以地内附”，史称“地殁蛮僚”。涪陵郡被迫迁至汉平县。南齐（479～502年）时复置涪陵、汉葭两县，属涪陵郡。北周保定四年废涪陵等县置奉州，不设县，属益州。建德三年（574年），废奉州置黔州，治今郁山镇。
隋行州（郡）、县两级制，黔州仍置。开皇十三年（593年）置彭水县，治今郁山镇，属黔州。原涪陵已迁至涪州（今涪陵区），今郁江时称彭水，县以江名。大业三年（60）年改黔州置黔安郡。大业十年（614年）析彭水县地置信安县（治今武隆县江口镇）。
唐增设道作为中央监督机构，彭水属江南道黔安郡。武德元年（618年），改黔安郡为黔州，治今彭水县城，析彭水地置石城县（天宝元年改名黔江县，即今黔江区）。次年，再析彭水地另置盈隆（治今润溪乡洋水桥）、洪杜（治今酉阳县龚滩镇）、相永（今贵州省境）、万资（今贵州省境）4县，同属黔州。贞观四年（630年），彭水县治移今汉葭镇县坝一带。贞观二十年（646年），分盈隆县地置都濡县（治今贵州省务川县濯水乡石桥子），先天元年（712年）因避唐玄宗李隆基讳改盈隆为盈川，天宝元年（742年）再改名洋水县。开元二十一年（733年），全国增为15道，分江南道西部置黔中道，治今彭水县城，彭水县改隶黔中道黔州。大顺元年（890年），赐黔州观察使号武秦军节度，彭水属之。开元二十一年始，唐实行羁縻制，黔州领劳、福、犍等50个羁縻州，领地辖今渝、黔、鄂、桂结合部约30万平方公里，羁縻州委任土著首领管理。
五代仍属黔州、武泰军节度管辖。
宋初沿唐制。继改道为路，黔州仍置，彭水隶之。嘉祜八年（1063年），省都濡、信宁、洋水、洪社4县为镇入彭水，仍隶黔州。绍定元年（1228年），黔州升为绍庆府，辖彭水黔江2县，并领羁縻州49个。至元二十八年（1291年）绍庆府升为总管府，在今汉葭镇城南修筑石城，至顺元年（1330）改称绍庆路，直到明代洪武四年（1371年）废置。
元设行省，省下设路府、州、县。彭水县仍隶绍庆府（路）。至元二十九年（1292年），置绍庆珍州南平等处沿边宣尉使司，治今彭水县城。至正四年（1344年）置绍庆府军民宣抚都总使司，仍治彭水县城，领6州20县152镇。
大夏承元制，彭水属绍庆路。
明初仍袭元制。洪武四年（1371年）废绍庆府，彭水县改隶四川行省重庆府。次年，废黔江县入彭水。洪武十年，废武隆入彭水县，改隶涪州（治今涪陵市区）。洪武十三、十四年，先后复置武隆县、黔江县。
清初划分全国为18个省，后调整为22个省，省下设道、府、县。顺治二年（1645年），彭水县复隶重庆府。雍正十二年（1734年），清政府实施“改土归流”，置黔彭军民厅，治今郁山镇，辖彭水、黔江、酉阳（时秀山属之）3县。乾隆元年（1736年）废黔彭军民厅置酉阳直隶州（治今酉阳县城），彭水改属该直隶州。
民国2年（1913年），彭水县属东川道。1927年改隶四川省长公署，第三年属四川省政府。1935年改隶四川省第八行督察区。
1949年10月1日中华人民共和国成立，11月16日彭水解放。1950年1月，属川东行署涪陵专区。1952年9月，属四川省涪陵专区。1968年6月，属四川省涪陵地区。1983年月11月14日，国务院批准彭水县改建为彭水苗族土家族自治县，次年11月10日挂牌成立。1987年涪陵地区分设为涪陵、黔江两个地区，彭水自治县改属黔江地区。1997年6月，改属重庆直辖市，由黔江开发区代管至2000年。
