2月3日，美军第1骑兵师在弗农·马奇少将的指挥下，向马尼拉北面推进并成功渡过柏西格河上的桥梁，第8骑兵团的一个大队率先到达并前往圣托马斯大学的战俘营实施救援。该大学自1942年1月4日起被用作关押平民，期间有4,255名战俘，其中466人在试图逃跑时被日军杀害。当天晚上9点，一辆吉普车和M4雪曼坦克冲入大学，随后美军和菲律宾军展开行动，大部分战俘得以获救。日军剩余战俘被囚禁在教学大楼，双方发生交火。2月4日，日军与美军谈判，获准南下与大部队会合，但只能携带步枪、手枪和军刀。当天，美军第37步兵师和第31步兵师解救了1,000名战俘，其中大部分是巴丹半岛和科雷吉多岛的俘虏。
2月5日，47名日军离开，总计救出5,785人，包括5,000名菲律宾人、2,870名美国人等各国人士。尽管麦克阿瑟宣布首都已完全夺回，但战斗仍在继续。美军第1骑兵师和第11空降师分别遭遇日军顽强抵抗。在市区，巷战持续近一个月，美军第14军在格里斯沃尔德少将指挥下，试图通过巴石河，但遭到日军强烈阻击。2月5日，美军第37步兵师划分战区，开始深入市区清除日军。Provisor Island成为激烈争夺之地，日军坚守至2月11日。第1骑兵师在2月10日遇到轻微抵抗，第11空降师在2月10日包围了尼古拉机场的日本海军陆战队。
由于保护城市和平民，麦克阿瑟禁止对城市进行炮轰和空袭，但不可避免地造成了大规模破坏。日军的绝望和愤怒导致了马尼拉大屠杀，老城区在2月23日至28日经历了炮轰和战斗。最后的抵抗点是财政部大楼，3月3日大楼在炮轰中化为废墟。尽管如此，麦克阿瑟在战事尚未结束时就宣布菲律宾立宪政府的重建，他强调首都将成为远东最自由的城市。
马尼拉战役发生在1945年2月3日至3月3日，参战的分别是美国、菲律宾及日本帝国，