指示功能原生动物及微型后生动物多，说明水体自净程度高。污水处理过程中，微生物出现顺序：细菌 (植物) 鞭毛虫、变形虫、动物鞭毛虫、游泳型纤毛虫、吸管虫、固着型纤毛虫、轮虫幻灯片50。
1、指示污泥性质。活性污泥的培养与驯化是污泥逐渐成熟的过程，在这个过程中，曝气池混合液中的原生动物上风类群也会顺序变化，从肉足类、鞭毛类开始，依次出现游泳型纤毛虫、爬行型纤毛虫、附着型纤毛虫。当活性污泥中的上风原生动物成为匍匐型和固着型纤毛虫时，说明活性污泥已经成熟，活性污泥的氧化和沉淀性能最佳。在污水处理厂正常运行期，若污泥性质发生变化，也可以通过原生动物的种类反映出来。
2、指示运行环境。污水处理厂的各种运行环境条件直接影响活性污泥的性质，从而决定了出水水质。这些环境条件有：有机负荷、曝气量、有机污染物的可生化程度、水力停留时间，以及冲击负荷。通过观察活性污泥上的上风原生动物，可以判定出水水质，查找原因，改善运行操纵条件。 活性污泥中的原生动物群落结构与污水净化状况的关系有：
①活性污泥在不良条件下，鞭毛虫、变形虫的数目多于纤毛虫的数目；
②水处理不稳定时的群落由鞭毛虫类、根足虫类组成；
③水处理稳定时的群落包括鞭毛虫类、根足虫类、自由生活的纤毛虫类、缘毛虫类；
④在净化状态良好时的群落中，缘毛虫类数目大于鞭毛虫类和根足虫类。
3、猜测出水水质。从理论上在进水水质、污水处理工艺和运行参数值固定的情况下，每个污水处理系统对应着一种生物群落结构，这种结构对污水的处理效果最好。通过广泛地观察和分析微型生物群落和出水水质，可以找出这种群落结构与出水水质之间的联系。