海淀区水务局的机构设置主要包括以下几个部分：
1. 内设机构：
办公室(监察科)，负责日常管理和监督工作。
水资源管理及行政审批科(海淀区人民政府水资源办公室)，负责水资源的规划、审批和管理。
节水管理科(海淀区人民政府节约用水办公室)，致力于节水政策的推行和节水工作的实施。
工程计划科(海淀区人民政府农田水利基本建设指挥部办公室)，负责农田水利项目的规划和执行。
水政科，负责水利法律法规的执行和水政事务的处理。
综合管理科，负责全局的综合协调和管理工作。
排水科，专注于城市排水系统的管理和维护。
海淀区人民政府防汛抗旱指挥部办公室，确保防洪抗旱工作的有序进行。
此外，海淀区水务局还拥有5个重要的事业单位：
北京市水政监察大队，负责水政执法和监督。
北京市海淀区节约用水事务管理中心，致力于节水推广和节水教育。
北京市海淀区河道管理所，负责河道管理和保护。
北京市海淀区排水管理所，保障城市排水系统的正常运行。
北京市海淀区水利工程质量监督站，确保水利工程的质量和安全。
这些机构共同构成海淀区水务局的完整体系，致力于水资源的合理利用和保护，以及城市供水排水系统的高效运行。