湖州市规划与建设局的机构设置包含多个功能部门，以确保高效有序的规划与建设管理。以下是各部门的主要职能：
办公室: 负责机关的行政事务，包括文秘、档案管理、对外宣传和联络，以及会议组织、人大建议处理、政协提案答复、信访接待、保卫保密和综合治理等工作，同时管理人民武装事务。
政治处(监察室): 主管党的建设、组织、宣传、纪检监察和群团工作，负责机构编制和人事劳动，对局内人员考核、退休管理工作，以及精神文明建设和行风建设，还负责社会团体的管理。
法规处: 负责规划与建设的法制工作，制定行政管理规范，指导执法监察，进行行政复议和诉讼，配合其他部门进行行政处罚，并负责法制宣传教育。
计划财务处: 主导全市建设规划和计划编制，负责资金调度、财务审计，参与国有资产管理和年度计划、投资项目审批，制定财务制度，管理机械和车辆购置，以及机关财务管理。
规划监督综合处: 综合管理城乡规划，负责区域、城镇体系、城市规划等的编制和审批，负责城市设计与建设项目的规划论证，参与重大项目选址，审核规划资质，并监督全市规划实施。
规划用地处: 负责规划审查和论证，审核建筑设计方案，发放相关许可证，监管建设工程，管理户外广告和市政设施，指导城市地下空间开发，负责行业统计。
建筑业处: 管理全市建筑业，包括招标投标、施工许可、安全生产、建设监理等，参与事故查处，推动工法制度，负责行业统计和资质管理。
城市建设处: 负责市政、园林和公用事业行业管理，编制相关规划和管理计划，负责资质和特许经营权管理，城市道路审批和市容环境卫生监督。
房地产业处: 编制房地产业发展规划，管理房屋产权和房地产市场，负责行业监管和中介服务机构资质管理，负责商品房预售管理。
村镇处: 综合管理村镇规划，指导小城镇和村庄规划，负责试点项目管理和环境整治，培训管理人员。
科技与勘察设计处: 制定行业科技发展规划，管理新技术推广，规范勘察设计市场，负责勘察设计质量和资质管理，以及抗震设计规范的监督。