当机动车遭遇水灾，若车主已为车辆投保了损失险，保险公司会在合同约定范围内进行赔偿。但需注意，发动机损坏不在赔偿范围内，需额外购买车损险。首要步骤是保留证据，即拍摄照片，随后尽快向保险公司报案并申请理赔。根据保险条款，若在保险期内，车辆在被保险人或其授权人员合法使用过程中，因如暴雨、洪水等自然灾害导致的车辆损失，车损险通常会进行赔付。然而，针对这些自然灾害造成的发动机损坏，仅能通过专门的涉水险来寻求赔偿。因此，如果车辆被水淹没，车损险的赔付可能不全面，具体赔付内容会因情况而异。若需进一步了解，强烈建议直接联系保险公司咨询事故处理的具体细节。
注意：在处理此类事故时，确保遵循保险公司指示并提供所有相关证据，以确保理赔过程顺利进行。