1901年，在帕丘卡英国皇家矿产公司工作的矿工们创立了帕丘卡足球俱乐部，这是墨西哥最古老的足球队。起初，他们踢足球仅仅是在矿场工作之余打发空闲时间。1907年7月19日，墨西哥足球联赛成立，帕丘卡足球俱乐部成为创立的成员之一。
1908赛季，第一位在墨西哥出生的球员David Islas第一次出现在球队阵容当中。1910-1912年间，墨西哥大革命摧毁了墨西哥职业足球，只有三支球队保存下来，帕丘卡足球俱乐部就是其中之一。1915年，球队大多数球员变成了墨西哥人。1917-1920年间，帕丘卡足球俱乐部在英国教练Alfred Crowle带领下成为联赛冠军。1920-1921赛季，帕丘卡足球俱乐部内出现分裂，多数球员去了墨西哥城。许多年之后，墨西哥足球乙级联赛重新组织起来。
1967年，帕丘卡足球俱乐部获得了乙级联赛冠军，从而升入甲级。但球队表现糟糕，于七十年代初期回到了乙级。1992-1993赛季，帕丘卡足球俱乐部等待了19年又能打上甲级联赛。他们努力想要保级，但是此赛季结束再次降级。
由于原乙级联赛影响力不足，新的乙级联赛于1994年成立。但是，在乙级附加赛中帕丘卡足球俱乐部未能实现目标，败给了塞拉亚竞技足球俱乐部。1995-1996赛季，帕丘卡足球俱乐部再次获得乙级冠军升入甲级。然而球队却还在挣扎，又一次回到乙级。
在墨西哥足协将赛制改为一年两个半程之后，帕丘卡足球俱乐部获得了冬季联赛冠军。在决赛中击败Tigrillos后，帕丘卡足球俱乐部回到了甲级。1998-1999赛季，球队在教练阿吉雷带领下在azteca球场3万人面前击败亚特兰特足球俱乐部，从而结束了他们糟糕的传统，避免了降级。这是他们30年内第一次连续两年留在了甲级联赛。
1999年冬季联赛，帕丘卡足球俱乐部创造了历史，获得了联赛职业化以来他们第一个联赛冠军。他们在决赛中击败了墨西哥蓝十字足球俱乐部，Aguirre带领一支不被看好的球队获胜。阿根廷前锋Glaria用大腿内侧打进一粒金子般的进球帮助球队登顶。
反复回忆决赛与半决赛，Aguirre声称没想到能走那么远，开始以为这时候已经在度假了。由于他们的这个成绩，球队被邀请参加北方共同市场杯。
2001年，Aguirre被选为国家队主教练，带队参加了韩日世界杯。球队选择了Alfredo Tena为新教练。Tena带领球队在冬季联赛决赛中击败老虎队获得了第二个联赛冠军。
