加州大学圣迭戈分校的学士学院系统是该校的一个特色。其学院体系模仿牛津大学和剑桥大学的英国学院制；圣塔克鲁兹加州大学(UCSC）和普林斯顿大学大学也采用了这一学院体系。每个学院有它自己的校园和学生宿舍，其学科也各不相同，每个学院的学科要求和学术哲学也各不相同。但加州大学圣地亚哥分校的六个学院并不是以学习的专业对学生进行分配的。学院之间的不同仅仅体现在宿舍和GE（General Education）的课程上，与专业无关。
加州大学圣迭戈分校的六个学院：
⒈Revelle College （瑞威尔学院）
⒉John Muir College （约翰·缪尔学院）
⒊Thurgood Marshall College （瑟古德·马歇尔学院）
⒋Earl Warren College （厄尔·沃伦学院）
⒌Eleanor Roosevelt College （埃莉诺·罗斯福学院）
⒍Sixth College （第六学院）
1964年建立的罗杰·瑞威尔(Roger Revelle)学院是该校的第一个学院，其主要方向是经典的文学艺术。1967年建立的约翰·缪尔学院是第二个学院，提供弹性且有选择性的基本教育。1970年建立的瑟古德·马歇尔学院强调合作和多文化主义。1974年建立的厄尔·沃伦学院强调全面化的教育，同时要求其学生选择两个不相关的学科作为主科。1988年建立的埃莉诺·罗斯福学院（原第五学院）强调全球化，其教育结合文化和跨学科，包含西方和非西方的文化。2002年建立的第六学院强调文化、艺术和科学技术中的历史和哲学联系。
不论学生选择哪个学院，他可以在加州大学圣迭戈分校所提供的任何学科里获得学士学位。但是学院向学生颁发学士文件和举行每个学员特有的毕业典礼。
学校给本科生提供在6个领域的100多个专业。学生在这6个领域的分布：
1.社会科学 28.7%
2. 工程 25.7%
3. 生物 21.9%
4. 科学/数学 9.7%5. 艺术 2.3%6. 人文 1.8%
7. 特殊/无专业 9.9% 国际政策和策略学院(School of Global Policy and Strategy)
艺术与人类学(Art and Humanities)
物理学（Physical Sciences）
雅各布斯工程学校(Jacobs School of Engineering)
Rady管理学校(Rady School of Management)
生物科学（Biological Sciences）
斯克利普斯海洋学院（Scripps Inst. of Oceanography）
斯卡格斯药剂学和药剂科学学校（Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences）
医学院（School of Medicine）
社会科学（Social Sciences）：包括人类学（Anthropology）、认识科学（Cognitive Science）、人际沟通（Communication）、经济学（Economics）、教育学（Education Studies）、种族研究（Ethnic Studies）、语言学（Linguistics）、政治科学（Political Science）、心理学（Psychology）、社会学（Sociology）
