医院学科齐全，重点学科数在安徽省医疗机构中最多，有国家级重点学科1个，安徽省临床医学重点学科7个，安徽省临床医学重点发展学科16个，安徽省临床医学重点扶持学科2个，安徽省教育厅认定的重点学科3个，安徽省教育厅重点扶持学科1个，安医大重点学科和重点扶持学科8个。省级重点实验室1个，省部级共建重点实验室1个。
医院坚持科教兴院战略，学科技术水平不断取得新的突破，受国家卫生部委托建立第一个中国人脑库，填补国内空白；银屑病的遗传学研究处于国际领先水平，盐裂皮肤免疫荧光技术诊断表皮下大疱病，国内领先。同种异体肝脏移植、自体干细胞移植、异体干细胞移植、异体肾脏移植、体外循环、心脏不停跳冠脉搭桥、心脑血管介入治疗、胸腔和腹腔微创手术、辅助生殖技术、断指再植和显微外科等专业技术水平处国内先进水平。在中西医结合治疗大面积烧伤、微粒皮移植、显微输卵管复通手术、眼移角膜移植、人工晶体植入术和眼激光治疗、小儿脑瘫治疗等方面积累了丰富的经验,处省内领先地位。
近四年，医院承担包括中国人银屑病易感基因研究、大别山隔离人群遗传资源调查等国家863计划和973计划、国家自然科学基金、安徽省自然科学基金等科研课题200余项，其中2004、2005年、2006年、2007年共获国家自然科学基金34项；获省部级以上奖项30余项，其中2007年获国家科技进步二等奖1项，教育部自然科学一等奖1项，2005、2006连续两年获中华医学科技一等奖，都填补了安徽省医疗行业获国家级奖项的空白。国家发表论文2137篇，出版专著103部，主办5种国内外公开发行杂志：《肝胆外科杂志》、《临床骨科杂志》、《临床眼科杂志》、《临床护理杂志》、《临床肺科杂志》。医院与美国、荷兰、日本、香港等国家和地区的科学研究机构建立了密切的科研合作关系。
