浦城县交通运输局内设机构设有五个职能机构，具体职责如下：
1. 党政办公室（监察室）：负责局机关及直属单位的综合协调，包括文电处理、保密、信访等工作，起草重要文件和综合性文稿，处理人大议案、政协提案等。同时，管理人事、行政后勤、机构编制，以及负责党群工作、纪检监察和行政监察等事务。
2. 运输管理股：主要负责公路、水路运输市场的监管，制定行业政策和运营规范，指导城市客运、出租汽车、地铁运营等，管理运输线路、车辆和运输场站，还负责车辆维修、驾驶员培训等，并参与国家重点物资运输和紧急客货运输的组织协调。
3. 安全监督股：制定和实施安全生产政策，监督行业安全生产和内河水上交通安全，处理安全事故应急处置，指导春运工作，负责公路、水路交通综合治理和平安建设。
4. 财务审计股：参与投融资政策制定，编制预决算，负责专项资金管理和监督，指导交通系统财务工作，管理国有资产，并进行内部审计和劳动工资管理。
5. 公路股（交通战备）：负责公路、水路建设市场监管，组织公路工程设计、施工管理和维护，指导农村公路建设和养护，同时负责国防交通战备工作，包括国防交通网络布局、物资储备和动员征用等。
这些机构共同协作，确保了浦城县交通运输行业的有效运作和管理。