中国农业大学（烟台）设有多个学院，致力于海洋、人文、食品与葡萄酒、商学院和理工学院的教育与研究。其中，海洋学院成立于2010年，以水产养殖本科专业为核心，设有水产品加工、海洋环境、水产养殖和畜牧教研室。自成立以来，海洋学院不断发展，已连续招生多届，目标是打造海洋科学研究与教学基地。
人文学院成立于2006年，依托中国农业大学人文与发展学院的资源，提供法学、农村区域发展、公共事务管理等专业，致力于农村发展与管理、社会学等领域的研究和教育。学院拥有一支国际化的教师队伍，为学生提供全面的教育与培训。
食品与葡萄酒学院成立于2006年，设有食品质量与安全、葡萄与葡萄酒工程等专业，注重教学质量和实践能力培养，与多家知名企业建立了合作关系，致力于特色专业建设。
商学院依托北京校区经济管理学院的学科优势，设有会计学、市场营销等专业，致力于农村经济、企业管理等领域研究，与多家企业有深度合作。
理工学院由农学、电子信息和基础科学领域组建，提供环境科学、土地管理等专业，具备现代化实验室设施，致力于理、工、管理多学科交叉研究。