哈哈，这个问题有意思了，《火影忍者》大战结束以后为啥木叶村没有除掉大蛇丸？个人认为原因在于木叶村和大蛇丸互相之间还有利益诉求，加上大蛇丸本身的特点以及剧情需要让大蛇丸能够继续活下去，下面具体说明一下。
大蛇丸为第四次忍界大战的最终胜利做出了贡献有战功，让大蛇丸有活下去的资本。
火影后期岸本为了让大蛇丸洗白设计了很多桥段，虽然从大蛇丸的角度来看其最后阶段使用秽土转生召唤出历代火影的最终目标是让自己实现永生的梦想（如果斑的无限月读成功，大蛇丸就不能利用不尸转生和咒印延长自己的寿命，而是无限期的陷入幻术世界中了），但是确实在后续的战斗过程中有效减少了忍界联军的伤亡情况，为各个忍者村保留了大量的有生力量。
因此客观来说大蛇丸虽然是一个极致的利己主义者不过确实是有足够的战功的，如果没有大蛇丸破解尸鬼封尽召唤历代火影，忍界大战中联军在高端战斗力方面和反派势力差距太明显了。因为原本各村子的五影已经被宇智波斑虐的死去活来，后面还有一个六道带土，如果没有历代火影的牵制后面鸣人和佐助可能没有得到六道仙人的力量馈赠就已经升天了。所以和前期大蛇丸对木叶犯下的罪行功过相抵，最后才能保住小命。
大蛇丸利用秽土转生召唤出历代火影确实在第四次忍界大战后期在一定程度上弥补了忍者联军和反派势力之间的实力差距。高端战斗力方面忍者联军是先天存在劣势的，没有历代火影的话可能根本撑不到鸣人和佐助得到六道仙人的力量进化成最强形态。
木叶村和大蛇丸之间有利益诉求，木叶村想要依托大蛇丸的研究对付大筒木一族，而大蛇丸也需要有一个相对稳定的环境生存。
在火影忍者第四次忍界大战结束后，各个村子的实力都有所减弱，而大筒木一族的问题也浮现出来，木叶村自从二代火影死后在科研方面排除大蛇丸并没有很好的后辈力量。因此木叶村才有意留下了大蛇丸，双方算是互惠互利，一方面木叶村想要依靠大蛇丸的研发能力寻找对抗大筒木一族的方法，毕竟只要大筒木一族还有族人存在凭借其在力量方面的优势木叶村得常规战斗能力是很难和大筒木一族抗衡的，因此需要大蛇丸针对性的开发一些特殊的东西出来对抗大筒木一族。
另一方面大蛇丸也需要一个可以依靠的势力为自己的研究提供物质基础，大蛇丸本来就是从木叶村出来的忍者，因此二者之间的关系更加密切一些。而且火影忍者的世界依旧处于利益优先的格局，只要大蛇丸能够为木叶村带来足够的利益和利用价值，大蛇丸是不会被木叶村干掉的。
大蛇丸和木叶村应该是互相利用的关系，彼此都有需要依靠对方的诉求，木叶村需要大蛇丸研究对抗大筒木一族的方法，同时大蛇丸也需要木叶村提供一个给自己相对自由的研究环境。
大蛇丸的特殊能力没有无限月读影响的话木叶村是很难彻底杀死大蛇丸的，加上后续博人传的剧情需要因此让大蛇丸活了下来。
个人认为木叶村之所以不干掉大蛇丸主要是大蛇丸的技能配置过于诡异，否则以大蛇丸对木叶村做的事情死罪可免活罪难逃。但是大蛇丸依旧活蹦乱跳的屁事没有，是因为第七代火影宽宏大量么？实际上是以木叶的手段没有办法保证能够彻底消灭大蛇丸又能得到大蛇丸的各种研究成果。
除了无限月读这种超强幻术以外大蛇丸的不尸转生和咒印木叶村并没有太好的办法限制，咒印虽然需要借助外部力量但是难说大蛇丸还留有其他后手不是。一旦木叶村和大蛇丸彻底撕破脸，木叶村有可能一直被大蛇丸纠缠下去，甚至有可能在实力衰弱的时候被大蛇丸从背后捅刀子。木叶村对于大蛇丸这种自己无法完全把控的力量只能采取怀柔政策，求同存异，避免两败俱伤的情况发生。
另外岸本在火影正篇完结的时候应该已经在考虑博人传的内容了，而大蛇丸也是博人传中链接剧情发展的一个关键人物。博人传中的主角三人组成员中就有大蛇丸的研究成果，因此个人认为大蛇丸之所以在忍界大战结束后没有被木叶村干掉，应该也和后续博人传的内容需求有关系。
虽然大蛇丸在博人传中戏份不多，但是如果没有大蛇丸的话在逻辑合理性方面回存在很多问题，大蛇丸的养子如果没有和大蛇丸之间的关系是不可能进入木叶村的忍者相信学习的，也不可能和鸣人的儿子建立关系和组队。因此大蛇丸的继续存活是为了博人传的世界观中主要角色之间的关系能够更加合理。
最后总结一下，个人认为木叶村不干掉大蛇丸的原因有以下几个方面：①大蛇丸和木叶村之间有利益合作关系，而且一大蛇丸的能力木叶村没有把握彻底消灭大蛇丸。②大蛇丸对于第四次忍界大战顺利结束有战功③为了后续博人传的剧情能够顺利展开，分析不到位地方请见谅，各位有其他想法欢迎留言讨论。