1922年，他在安源煤矿听过毛泽东传播革命真理；
1927年9月，他在安源煤矿参加了毛泽东领导的秋收起义，后随毛主席参加三湾改编，又上井冈山；
1929年6月，他在红四军七大时，作为初级指挥员支持单纯军事观点，与毛泽东产生分歧，在民主投票时支持陈毅为前委书记。后毛泽东12月在古田红四军第九次党代会上，对单纯军事观点给予严厉批评，部队干部进行调整，刚任特务营副营长的王耀南下到连队当排长。
在第二次反“围剿”后，王耀南带工兵连为毛泽东挖防空洞。王耀南将毛泽东住房后大樟树洞辟为防空洞口，利用樟树的枝多叶茂作伪装，便于毛泽东遇紧急情况迅速进入防空洞。施工中，毛泽东亲自参加劳动，并招待工兵连“打牙祭”。
中央主力红军三渡赤水之后，根据毛泽东的指示，王耀南率工兵连赶回渡口留守，控制、检修、加固浮桥，以备主力四渡赤水。在两个多月中，王耀南指挥工兵连克服种种困难，架起十余座桥，获全军通令嘉奖，被毛泽东誉为“工兵专家”。
1939年6月， 川口遭遇战他负伤，毛主席派夫人江青持亲笔信和200块银圆前往慰问，毛主席信中称王耀南是“民族英雄”；
1966年2月 ，江青在部队文艺工作座谈会上点名批评了十余部电影，其中包括《地雷战》和《地道战》。
王耀南深感事关重大，他向中共中央办公厅请求面见毛泽东陈述自己的意见。中共中央办公厅安排他和江青面谈，他在江青办公处据理力争：
他说：《地雷战》、《地道战》影片是贯彻毛主席人民战争思想和《论持久战》的精神；
他说：这是抗日战争时期真实战例的汇编；
他说：影片是他组织指挥的，是工程兵部队和民兵进行训练的军事教材，不是故事片，与作家、演职员没有关系；
江青最后无可奈何的让了老将军一步，说到：你们这些将军只晓得打仗，不懂得艺术。会议上我是批评有些影片的艺术水平差，线条太粗，点了《地雷战》、《地道战》的名。江青对总政的负责同志说：既然王耀南同志再三强调这两部影片是军事教学片，那你们回去把片头剪去，注明是军事教学片，继续放映。
敢对江青坦诚相争的将军为数不多。
1966年8月后，审查《毛主席去安源》的油画时，对油画下的注明：“毛泽东1920年到安源，并说毛主席在建党以前就曾去过安源做工人运动”提出异议：“毛主席1920年没有去过安源。1921年秋毛主席去的安源。”他认为应该实事求是。他在博物馆打电话请中共中央办公厅主任汪东兴到毛主席处核实。主席后来答复说：王耀南的回忆是正确的。 1934年5月，经董必武、刘伯承推荐，周恩来同意，王耀南被李德任命为军委作战科科员兼军委工兵营营长。工兵营组建后，王耀南又根据周恩来的指示，代表军委首长先到三军团石城、驿前筑垒域督查防御工事的构筑。
1934年4月，五次反围剿广昌战役后，中央军委曾经考虑中央红军战略转移到湘西的洪江与第二，六军团会合，。这在当时是非常机密的设想，连方面军的首长和军团的首长都不知道，1934年6月，周恩来命令红一方面军侦察科长张明远（解放后任总后副部长）和王耀南到敌后探路。
1934年10月，长征前夕，周恩来亲任总指挥在于都河上搭建长征路上第一桥，征集材料、船只。王耀南带领干部对架桥点、河川情况进行了勘察，挑选了10个架桥点，决定在花桥、潭头圩、赖公庙、大坪心、峡山圩架5座桥。
红军在突破敌人第四道封锁线时，进至湘江岸边，王耀南率工兵营担任守卫和维护湘江浮桥的任务。守桥的最后一日，敌先头一个连试图偷袭我渡江指挥部，王耀南率部吸引敌人的火力，掩护总政委周恩来撤退。后王耀南将湘江渡江我军损失情况向周恩来等作了报告。 从井冈山时期起，王耀南就在朱德领导下，朱德总司令曾多次亲自给王耀南下命令，修桥筑工事；
1929年1月，王耀南在朱德指挥下，带领战士在会昌城附近湘水架成浮桥，这是红军战史上首次架桥。朱德过桥时给予表扬，王耀南升任连长。
1930年3月，朱德亲自向王耀南交待组建工兵连的任务。王耀南任我军第一任工兵连连长，端午节朱德到工兵连和全连官兵“打牙祭”，祝贺工兵连成立。
1935年12月底，中央红军进至乌江南岸，王耀南奉朱德之命，在水急浪高的江界河渡口，克服重重困难架设浮桥；
1938年，王耀南在延安修机场期间，朱德要王耀南吃透毛泽东的《论持久战》，利用他自己的特长和经验提出几套以弱击强的战术，把复杂的技术变成通俗的方法，由总部发训令要全军和游击队都来执行。
当时王耀南提出搞“地雷战”。朱德要王耀南先搞出个样子，认真总结再普及，并指出：高级干部要把功夫下在提高部队战斗力上。后来王耀南照办，创造了地雷战、地道战。 1930年7月中，王耀南接到湖南省委命令：率队赴长沙配合红三军团打长沙。彭德怀亲自督阵，工兵队在浏阳河上架通浮桥，保障了长沙战役的顺利实施；
1933年11月，彭德怀将卢兴邦的骑兵旅包围在沙县城内。三军团工兵连挖坑道实施爆破沙县城不成功，王耀南奉命率总部工兵连驰援。施工中，彭德怀亲自下坑道视察。后来爆破成功，一举攻下沙县，王耀南获二等红星章。
1936年5月1日至5日，在西征中，红二十八军于1936年夏天围困陕北安边之敌月余，久攻不克。王耀南接到彭德怀命令，率部从甘泉前线赶赴安边。王耀南组织兵力挖坑道，掏好药室，爆破成功，此役王耀南也负伤。
1941年2月，彭德怀批准王耀南大规模使用地雷和构筑大量永备工事的方案，及组织工厂研制土地雷、滚雷等土装备并大量生产。彭德怀指示他在根据地周边推广“地雷战”，牵制日军对根据地的进攻。
1940年百团大战前，彭德怀决心破击正太铁路， 王耀南协助刘伯承完善了正太铁路破击的战前工程准备，彭德怀同意王耀南坐镇总部现场指挥，对王耀南提出的至少出动18个团的请示，确定为至少出动22个团；
1951年，在彭德怀批准下，王耀南率学习团随同董其武将军的第二十三兵团赴朝作战，他建议修筑坑道后，我二十三兵团伤亡由每军每日150人降为十余人；
1952年5月，彭德怀命令王耀南率二百余名工兵、炮兵、航空兵干部组成的学习团赴朝鲜解决防空问题。当时我方每军（军团）每日阵亡人数在一百人左右。他提出打坑道解决部队的防空问题。部队全面开展坑道掘进作业后，伤亡减少30%。
9月，王耀南奉彭德怀之命再率学习团赴朝检查部队推广“坑道战”经验，找出不足和问题，提出解决的办法，后我军每日每个军阵亡人数已由80人降为2至3人；
彭德怀命令把“坑道战”及坑道掘进作为志愿军的日常工作和长期工作，志愿军部队全面贯彻执行。 1932年6月间，王耀南在彭杨步兵学校任工兵教员兼学员队排长时，恰逢一军团参加水口、南雄战斗。主动请命率新老学员七十余人攻上梅关要隘，这次攻坚战使大部分学员阵亡，他本人也负重伤。当时红一军团军团长林彪，参谋长陈奇涵批评伤亡太大；
1933年2月，王耀南到一军团考核新学员，后参加一军团的军事行动。在战斗中当担任警戒的王耀南发现敌机俯冲准备投弹时，他将军团长林彪推下山坡，保护了林彪的安全；
1936年红军东征，王耀南奉军团长林彪的命令，摧毁同蒲铁路。除敌人据守的几个大火车站外，他们捣毁了其余火车站的建筑和设施，使同蒲路彻底瘫痪。
1937年9月，平型关战役前，在友军杨爱源、孙楚将军配合下，王耀南完成勘察任务后，陪同师长林彪与杨爱源、孙楚会谈。在复勘中，林彪看了王耀南选的关沟段地形后说：“王耀南做的笼子（湖北话：圈套）不大度，但复勘直至灵丘只此地最佳。”
1938年3月2日晨，林彪在山西浓雾中被枪弹击伤，王耀南命警备连反击，掩护林彪撤退。后王耀南奉罗荣桓之命，护送林彪赴延安治疗。3月8日，有十余里山路，担架不能通行，王耀南坚决否定后撤的请求，扶起林彪，让警卫员们轮流背着林彪直到黄河边，使林彪及时到延安得到治疗；
1955年，王耀南在授衔后，因病休息。1960年林彪找王耀南谈话，林彪说：你还没有死，还能动，活着要干，死了算。随后王耀南被任命为工程兵司令部副参谋长。
1969年10月1日，林彪在天安门接见王耀南时，问到王耀南的工作情况时说：你还当副参谋长不妥。
1970年，经林彪提议，毛主席批准，王耀南任工程兵副司令员。 1933年11月，红军大学校长刘伯承调王耀南到红军大学任工兵主任教员，期间总参谋长刘伯承命王耀南、康克清等学员以总部代表名义去兴国检查工作。他们发现了兴国防御工事存在着严重的技术问题，提出纠正的办法，受到刘伯承的表扬；
1935年初，红军长征在四渡赤水战役时，红军总参谋长刘伯承对毛主席说：只要王耀南有烟抽，红军没有过不去的坡，只要王耀南有酒喝，红军没有过不去的河；
1936年10月，长征后期三大主力红军会师前，他奉周恩来之命，率部接应随同四方面军北上的刘伯承。王耀南带工兵连经过几天努力寻找，在草地边沿的华家岭以东三十余里的小村庄附近找到了刘伯承及夫人汪荣华和他们的两个警卫员；
1939年初冬，一二九师师长刘伯承调王耀南到太行山根据地反击日寇的“囚笼政策”。王耀南提出炸桥破路的方案。 百团大战时，在聂荣臻的坚决要求下王耀南带工兵干部赶赴晋察冀参战：
在娘子关，王耀南指挥工兵利用山体断层的地质特性进行大爆破，造成娘子关隧道大塌方；
在井陉煤矿，他动员矿工带领工兵炸毁了煤矿的关键部位和大量设备，摧毁矿井；
在平汉铁路，他指导工兵带领民兵对铁路拆除，燃烧、爆炸……，当他赶回八路军总部才知道此次战役我军投入兵力已超过100个团，已被彭德怀定名为百团大战；
当年冬，聂荣臻向朱德报请调王耀南到晋察冀推广“地雷战”；
1942年初春，王耀南指出：光能藏不能打，光挨打。他要求将藏身洞改造成能打、能藏，防毒、防水、防挖、要能安全撤出，并与高房工事、地堡及村外工事相结合的作战地道。
日本投降后，王耀南接到聂荣臻的命令返回张家口市，指挥工兵消除日军在张家口市设置的爆炸物，排除日军在张家口附近埋设的地雷。
