日本的中华思想又呈现出与朝鲜、越南不同的特点。首先日本在历史上大部分时间都处于以中国为中心的华夷秩序之外，保持了很强的独立性，同时也系统地接受了中国文化，因此其自称“中国”最为理直气壮。另一方面，日本与中国的文化差异性又比朝鲜、越南大，所走的发展道路也与中国迥异，因此以儒家华夷观为基准的“中国”一词并非诠释日本民族自尊和优越感的唯一选择，此外还有“神国”、“皇国”等。所以，自居“中国”在日本不像“小中华”在朝鲜那样深入人心，但这种本民族中心主义所形成的神国思想和皇国史观对日本影响深远。
大和国时期，日本就透过朝鲜半岛的百济政权输入中国文化，并曾接受中国南朝的册封。7世纪以后，日本又与中国唐朝展开直接交流，并在唐朝的影响下形成了律令制国家，而日本接受华夷思想、以“中国”自居也起始于此时。最初日本将中华思想移植到本国，将畿内（“都”）视为“华”，而把畿外（“鄙”）视为“夷”（ひな）。这种华夷观在《万叶集》和《伊势物语》等日本古典中均有明确的显示。大约在8世纪前后，畿内畿外模式逐渐推展为京都地区与日本边远地区之间的广域“华夷”关系，《养老令》注释书中即将壹岐、对马、日向、萨摩、大隅等地均视为蛮夷。奈良时代的藤原广嗣在740年上表圣武天皇：“北狄虾夷，西戎隼（隼人）俗，狼性易乱，野心难驯。往古已来，中国有圣则后服，朝堂有变则先叛。” 790年，陆奥国请求为边民赐姓的上书中说：“既洗浊俗，更钦清化。志同内民，风仰华土”。 812年，嵯峨天皇诏书中有“今夷俘等，归化年久，渐染华风” 之句。以上“中国”和“华”的用例就是针对日本的内地和边地而言的。到了17世纪的江户时代，除了虾夷以外，日本史书中已很少明确见到“夷狄”的称谓。日本学者认为这表明经过中世时代的文明扩散后，近世日本大体完成了统合化过程，日本本身逐渐凝聚成了一个实体。
以上所说都是华夷观在日本列岛的内部的状况，有点类似“中国”的概念从黄河流域扩展到中国全境的扩展。而日本对外也秉持着中华思想，以此构造了以日本为中心的次生华夷秩序。早期的日本便将朝鲜半岛上的三国（高句丽、百济、新罗）均视为属国，他们遣使来大和国是朝贡，后来大和朝廷致隋朝的国书中，有“日出处天子致书日没处天子”之语句，表现出了与中国对等的思想。在律令制国家的观念中，日本是“中国”，为“化内”之地；虾夷、隼人等日本列岛内的民族是“夷狄”，新罗、渤海等周边国家是“蕃国”，唐朝是“邻国”，均属“化外”。而日本天皇则是华夷共主，在大极殿接受万国朝贺。日本文献中有“通中国于是始矣” 、“华夏载伫” 、“讴歌之诚，华夷未已” 、“万国旁戾，肃朝觐于夏廷；百蛮会同，仰膏泽于汉阙” 等语句，都反映出日本对外关系中的华夷观。唐朝虽被日本视为对等的“邻国”，但在执行过程中经常与“诸蕃”甚至“夷狄”等同处理。如《日本文德天皇实录》载：“夫太宰府者，西极之大壤，中国之领袖也……大唐、高丽、新罗、百济、任那等悉托此境，乃得入朝，或缘贡献之事，或怀归化之心。可谓诸藩之辐辏，中外之关门者也。” 《令集解》载：“除朝聘外，在京唐国人等皆入夷狄之例”。 但是，日本所营造的这种次生华夷秩序只是其单方面的构想，不仅唐朝不可能认同日本是“中国”，即使是新罗、渤海等“蕃国”也将其与日本的关系视为对等外交，有时为贸易起见向日本让步，但经常“亏违蕃礼”、“不事中国”，日本虽然对此抱怨，却也无可奈何。9世纪末以后，日本对中国和朝鲜半岛都中止了官方往来，这种虚幻的华夷秩序自行解体，日本也开始独立发展自己的国风文化，渐渐脱离中国文化的语境。而后公家衰落，武家崛起，日本进入幕府时代，儒家文化地位进一步下降，此后日本官方就绝少以“中国”自称了，“日本即中国”的一元世界观也转换为“本朝-震旦-天竺”的多元世界观。 幕府时代的日本统治者，一方面对外交往呈现出灵活的特点，比如14世纪末日本南朝的怀良亲王虽然对明朝语气傲慢，但仍自居与蒙古同类的夷狄 ；15世纪时的足利义满更是向明朝称臣，加入了以大明为中心的华夷秩序，这种情况在以“中国”自居的奈良、平安时代是不敢想象的。与此同时，日本虽不再以“中国”来定位自身，但其民族自尊心与优越感有增无减，特别是13世纪后期与蒙古袭来以后，“日本是神国所以不受诸国之攻，延绵不断”的“神国思想”不断膨胀。战国时代以后，日本社会得到整合，武力大增，丰臣秀吉在1587年的“伴天连追放令”中公开宣称日本是神国，而后又妄图征服中国、朝鲜乃至全世界。神国思想虽然不以儒家的华夷观为基准，但可以看作是中华思想在日本的延续。
17世纪初，德川家康建立了江户幕府，随后试图加入以明朝为中心的华夷秩序之中，但未能成功。 此后到明治时期，中日重新处于无国交的状态。于是，日本统治者开始寻求新的定位，与朝鲜恢复邦交，通过朝鲜通信使进行往来；征服中国属国琉球，并令琉球定期派遣谢恩使和庆贺使“上江户”；通过松前藩将阿伊努人（虾夷）编入幕藩体制；令长崎的荷兰商馆馆长年年到江户朝觐幕府将军，通过这一系列的举措建立了以日本江户幕府为中心的“日本型华夷秩序”。 日本人的自我中心性和文化优越感因而获得大幅度提升。与此同时，中国境内发生的大事——清军入关对日本造成很大的心理冲击，同时也导致了以水户学为代表的日本儒学及华夷思想的复兴。一方面，当时的日本学者普遍认为清朝的建立标志着中国沦为夷狄，儒学者林春胜父子所辑的《华夷变态》一书书名就体现了这种观点；另一方面，随着欧洲人的东来，日本人的世界观又由“本朝-震旦-天竺”转换为“本朝-唐-西洋”，江户幕府时代厉行锁国，使日本与西洋隔离，而后“唐”又沦为夷狄，特别是“唐”在沦为夷狄的过程中不断屈身卑辞向日本求救（日本乞师），使日本的优越感大幅度提升，由此带来了江户时代日本中华思想的膨胀，日本人也就开始讨论自己是否是“中国”了。 江户时代前期的山鹿素行是鼓吹“日本是中国”的代表人物，他原本是儒学者，晚年倾向神道。他的代表作《中朝事实》公开宣称日本是“中华”，他说：“愚生中华（指日本）文明之土，未知其美，专嗜外朝（指中国）之经典，嘐嘐慕其人物，何其放心乎，何其丧志乎，抑好奇乎，将尚异乎。夫中国（指日本）之水土，卓尔于万邦，而人物精秀于八纮。故神明之洋洋，圣治之绵绵，焕乎文物，赫乎武德，以可比天壤也。” 他还有对该理论有系统的论述：“盖‘中’有天之中，有地之中，有水土人物之中，有时宜之中。故外朝有服于土中之说，迦维（古印度的一个邦国）有天地之中之言，耶稣亦曰得天中。愚按：天地之所运，四时之所交，得其中，则风雨寒暑之会不偏，故水土沃而人物精，是乃可称中国。万邦之众，唯本朝及外朝得其中，而本朝神代，既有天御中主尊二神建国中柱，则本朝之为中国，天地自然之势也。” 山鹿素行并不是像其他儒学者那样认为满清入关引发“华夷变态”才使日本成为中华或中华文明的继承者，他认为日本一直就是“中国”，并且比他口中的“外朝”即中国要优越。他认为“外朝”疆域太大，难以防守，导致“北虏易窥其衅，数以劫夺……终削其国、易其姓，天下左衽”，而日本则地势优越，“四海之广，犹一家之约，万国之化育，同天地之正位，竟无长城之劳，无戎狄之膺”，故“圣神称美之叹，岂虚哉！” 值得注意的是，山鹿素行并不完全是从华夷观的角度来论述日本是“中国”，而更多带有日本神道色彩。此外，松宫观山驳斥某些儒学者“华彼夷我”之论，写道：“窃为本邦之古，文献大备，海内丰足，自称中州，指彼为西藩。内外之分，体制尤严矣。”不过，观山并非否定中国圣贤之道，他之所以不称中国为“中华”的最大理由，是中国“国号数变，遂为北狄（满洲）所并，今岂足以称华乎？……皇统传道并得，与天壤无穷，国号不变，宗庙飨之子孙保之者，独我大日本而已。” 山崎暗斋则说：“中国之名，各国自言，则我是中而四外夷也。是故我曰丰苇原中国，亦非有我之得私也。程子论天地曰：地形有高下，无适而不为中，实至极之言也。”
以上论述“日本是中国”的学者，大都有儒学背景，并且体现出将文化层面上的中国与地域层面上的中国（或者说“文化中国”与“现实中国”）剥离的态势，这一点与朝鲜、越南相同，即便是鼓吹“日本是中国”最力的山鹿素行也不得不承认“其文物古今所称，以外朝为宗，日本、朝鲜次焉”。除了儒学者以外，国学者一般都不屑于“中国”一称，比如本居宣长就猛批中国文化和儒家思想，否定华夷观，但同时又吹捧日本为“神国”、“皇国”，并宣称“由皇国观之，蒙古和明朝同为戎狄耳”。 虽然本居宣长连文化中国都不认同，但其思想却是与中华思想一脉相承，将日本作为中心，周边视为戎狄，从这个角度来说他又与主张日本是中华或中华文明继承者的儒学者并无区别。 江户时代的中华思想虽然一度复兴，但最终还是归于沉寂。日本很明显不愿意依附于“中华”之名为自己定位，而是堂堂正正地以“日本”自居，并且随着民族主义的发展，也越来越不屑“中华”的称呼，正如学者所分析的：“这种由‘争中华’到‘看不起中华’的态度转变，成为明治维新以后支那论的基本论点。”
19世纪中叶以后，日本打开国门，此时日本人称西洋为夷狄，并在水户学影响下出现“尊王攘夷”的浪潮。虽然找不出当时日本人以“中国”自居的记录，但幕末的尊王攘夷思潮不能说没有华夷观的影响。1868年，德川幕府倒台，明治政府建立，开始进行“明治维新”。明治维新是以学习西方为主流的，“夷狄”的称谓逐渐淡出，儒家华夷观不再有影响力。不过，明治以后的日本虽脱亚入欧，但并非完全融入西方秩序，以本民族为中心的皇国史观、神国思想仍在延续并发展，“东洋盟主论”、认为日本是亚洲文明的中心等观点盛行于明治时代。这些虽然不是中华思想的直接体现，但可以说含有中华思想的因素。所以中华思想在明治以后处于“被借用”的状态，即不明确接纳这种思想，但借用其中的因素来服务于日本的扩张。比如日俄战争时日本陆军主将乃木希典就喜读《中朝事实》，以其为座右铭，上战场时随身携带，死后所留遗书引《中朝事实》之语，赠与裕仁（后来的昭和天皇）。 他当然不可能去争论日本是“中华”，而是借用了其中的日本中心主义和优越感为侵略扩张服务罢了。
另一个借用的事实是甲午中日战争期间，日本曾在中国境内颁布《开诚忠告十八省之豪杰》，宣称要驱除鞑虏，恢复中华。但这只是甲午战争期间日本所借用的战争策略之一，是一种虚像，绝非是说中华思想是当时日本的指导思想。事实上，甲午战争时日本的决策者之一外务大臣陆奥宗光这样解释道：“最终呈现了这样一种奇异的景象：即一方积极采取西欧文明；另一方却力图保守东方积习。……而不论外表上的争论出于何种形式，其争论原因必然是西欧新文明与东亚旧文明的冲突，这是人所共知的事实。” 鼓吹脱亚论的明治维新精神导师福泽谕吉也称甲午战争是“文明对野蛮的战争”，认为日本是以“世界文明的进步为目的” ，他无疑是以西方文明为标准而非传统东方文明。这才是日本人对甲午战争的普遍观感。以儒家华夷观为基础的中华思想显然不属于日本所代表的“西欧新文明”或“世界文明”，而是“东亚旧文明”的一部分，所以不可能是当时日本人的真实想法。
