因为尼奥在和史密斯最后的决战中，成功的复制了史密斯的代码，然后进行了删除，因此成功的结束了战争。
在《黑客帝国3》中，尼奥借由救世主不分世界的超能力成功进入机械城市，但崔妮蒂在此牺牲。尼奥进入机器城市后，与身为机器首脑的机械主（其地位相当于诺斯底主义中的上帝，详见“缓和二元论”处）达成停战协议。而代价是尼奥必须进入矩阵，删除叛逃异变的强大病毒——史密斯。
经过一番苦战之后，尼奥败了，被史密斯所感染复制，但是也因此获得了史密斯的代码，从而成功将其清除，在最后一刻拯救了仅存的人类，还有被机器大军破坏殆尽的锡安城，机器世界与真实世界都获得了和平，人类从此可以选择生活在矩阵或现实世界，而造物主也承诺不愿生活在机器世界（母体）的人类将会获得自由。在最后，先知表示相信尼奥还会回来。
扩展资料：
《黑客帝国3》剧情简介——
面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一起寻找他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获。
锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个“母体”的稳定。在返回锡安的途中，
飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01。在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯。于是，“母体”又面临着一次翻天覆地的“重载”。