钟宁宁努力围绕当前国民经济发展的战略需求,参与国家层面的科研项目,开展有机地球化学的基础研究和应用基础研究。从事科教工作以来,承担和参加国家级及其它科研课题30余项。参加了“六五”、“七五”、“八五”、“九五”和“十五”的历次国家重点科技项目(石油天然气领域)的研究工作。主持了“八五”国家科技攻关专题“低熟油形成机理与分布规律”和“九五”国家科技攻关专题“中国煤系地层大中型气田的研究”的研究工作。在未熟-低熟油气、煤成烃和碳酸盐岩有机岩石学等领域做了较多研究工作。与合作者一道首创用有机显微组分组成分析和生物标志物剖析紧密结合的方法研究非常规油气成因及资源分布规律,为查明我国低熟油气成因及资源分布规律,揭示煤成大中型气田形成的地质基础与主控因素作出了贡献。先后获得国家科技进步三等奖1次,省部级科研成果一等奖2次、二等奖6次。
最近完成的“973”项目课题“中国典型叠合盆地碳酸盐岩烃源岩生排烃机理与效率”中,针对我国叠合盆地碳酸盐层系沉积时代早、有机质丰度低、成熟度普遍偏高和历经复杂构造运动的特点,在碳酸盐岩吸附气体模型、催化生烃效应、排烃动力机制及条件、二次生烃的化学动力学定量描述等方面均取得重要进展的基础之上,首次基于大规模实验和数值模拟理论分析,建立了碳酸盐岩油、气源岩分级评价方法和指标体系,它不仅为我国叠合盆地的油气资源评价与预测奠定了可靠的理论基础,而且提供了资源量计算的必需指标。该指标体系在中国石油和中国石化两大股份公司新一轮的油气资源评价中得到应用,并成为由国土资源部和国家发改委组织的全国新一轮油气资源评价的新标准。2004年被国家科技部授予“国家重点基础研究发展计划先进个人”称号。