北京理工大学的研究生院机构设置如下：
院长：孙逢春
常务副院长：薛唯
副院长兼学科与学位办公室主任：李镇，负责全校学科建设的总体规划和学位授权点的管理，包括博士生导师的增列和考核，以及各级各类学位授予工作。
副院长兼培养办公室主任：罗爱芹，主要负责研究生的培养过程管理，包括制定培养方案、课程安排、成绩管理和学籍注册，以及博士后流动站和博士后事务，以及访问学者和研究生教育创新计划的管理。
副院长兼综合办公室主任：肖文英，其工作职责涵盖了研究生的招生工作以及研究生院的日常院务管理。
研究生工作部部长：郝洪涛，作为学校党委的职能部门，主管研究生的思想教育、党组织建设、德育队伍建设，研究生事务管理，奖学金评定及管理，以及研究生的课外学术科技活动等工作。
北京理工大学研究生教育始于1953年，1978年恢复研究生教育，1981年被国务院批准为全国首批具有博士、硕士学位授权的单位之一，1984年被国务院批准为全国首批22所试办研究生院的大学之一。北京理工大学前身是1940年创办于延安的自然科学院。建校以来，学校始终得到了国家的高度重视和大力支持，是建国以来国家历批、次重点建设的高校，是首批设立研究生院的高校，是首批进入“211工程”和“985工程”建设行列的高校之一。