新乡医学院建有5所直属附属医院，其中4所为国家三级甲等医院。名单为：
新乡医学院第一附属医院，是综合性三级甲等医院。医院始建于1896年，前身为加拿大医学博士罗维灵等创办的博济医院，1982年更为现名、并沿用至今。医院占地310亩，建筑面积40.6万平方米，核定床位3500张，临床、医技科室102个。现有职工3576名，其中硕士、博士1000余名。
新乡医学院第二附属医院，是一所神经疾病专科三级甲等医院。医院始建于1951年6月，1957年5月，定名为河南省精神病医院。1994年3月新增名称新乡医学院第二附属医院。医院占地面积8.91万平方米，建筑面积8.68万平方米，医院现有专业技术人员899人，高级专业技术人员167人。
新乡医学院第三附属医院，始建于1983年，是一所集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的省直属三级综合性大学附属医院，是河南省按病种付费试点医院，是城镇职工医保、城镇居民医保、新型农村合作医疗定点医院，也是多家保险机构定点医院。
新乡市附属中心医院，始建于1949年11月，原为平原省人民医院；1953年更名为河南省第三人民医院；1986年改名为新乡市中心医院，目前已发展成为新乡市市属唯一一所集医疗、教学、科研、预防等为一体的综合性三级甲等医院。
新乡市第一人民医院，创建于1936年，是一所大型现代化综合性三级甲等医院。医院占地面积35816平方米，建筑面积94847平方米。开放床位1600张，设临床、医技科室59个。医院现有职工1656名，其中高级职称242人，中级职称372人，研究生以上学历236人。