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关于对纳税人虚开增值税专用发票的处理
纳税人虚开增值税专用发票，未就其虚开金额申报并缴纳增值税的，应按照其虚开金额补缴增值税；已就其虚开金额申报并缴纳增值税的，不再按照其虚开金额补缴增值税；
税务机关对纳税人虚开增值税专用发票的行为，应按有关规定给予处罚；
纳税人取得虚开的增值税专用发票，不得作为增值税合法有效的扣税凭证抵扣其进项税额。
3.纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理
对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。纳税人取得虚开的增值税专用发票，不得作为增值税合法有效的扣税凭证抵扣其进项税额。
如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款。
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食堂用得煤气开具的增值税专用发票需要进项税转出，食堂用的是用于职工福利的，按税法规定不允许抵扣。
有档案规定的，国税发[2000]187号，你上网查下就知道了，你所抵扣的进项税必须转出。
《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）规定
购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口、退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。
纳税人善意取得虚开的增值税专用发票指购货方与销售方存在真实交易，且购货方不知取得的增值税专用发票是以非法手段获得的。纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款;如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。
对善意取得虚开发票已抵扣税款加收滞纳金问题，《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批覆》（国税函[2007]1240号）规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于《税收征收管理法》第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。
发票不合法，进了成本 汇算清缴的时候你还是要调增的
国税总局2014年第39号公告：
纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：
一、纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；
二、纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；
三、纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。
受票方纳税人取得的符合上述情形的增值税专用发票，可以作为增值税扣税凭证抵扣进项税额。
没有区分填哪一列的，是你的进项发票认证抵扣后，系统自动计算累计数，统一显示在进项税额一栏，在抵扣清单那个表会显示税率的。
一.国家税务总局出台法规对纳税人善意取得虚开专用发票已抵扣税款的处理办法作了调整。《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批覆》（国税函[2007]1240号）明确，
1."纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款；如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。"
2. 纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于《税收征管法》第三十二条"纳税人未按照规定期限缴纳税款"的情形，不适用该条"税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金"的规定。
不能
虽然现行法规中对于善意取得虚开的增值税专用发票能否税前列支成本没有明确规定
但根据税前扣除精神， “善意取得”只能排除纳税人的主观恶意嫌疑
税务机关在处罚时可以作为从轻或免于处罚的依据
但不处罚不等于不交税
只有当购货方重新从销售方取得合法、有效的发票时，才能在所得税前扣除
你与一家签订合同，其找了一家运输公司给你运货。货到后，运输公司给你增票，你付其款项。但事后，得知取得的运输发票是假增票，你公司就是善意取得虚开增值税专用发票。
除非能另取得合法票据
否则不能税前扣除
善意取得只是不另外处罚罢了