MySQL和SQL Server之间的最基本区别在于开源与闭源。MySQL作为一款免费开源数据库管理系统，用户无需支付费用即可使用。其支持多种操作系统，包括Windows和Linux，提供了极大的灵活性。
相比之下，SQL Server是一款商业数据库管理系统，需要支付相应的许可费用才能使用。其仅限于Windows平台，因此在跨平台兼容性上不如MySQL。
在性能和安全性方面，MySQL通常被认为更胜一筹。MySQL提供了丰富的命令行工具，使用户能够通过简单的文本命令进行数据库管理。然而，对于初学者而言，SQL Server的图形界面更为直观易用，能够简化操作流程。
总的来说，选择MySQL还是SQL Server取决于具体需求。如果需要跨平台支持和开源优势，MySQL将是更好的选择。如果看重图形界面和简化管理流程，SQL Server则更具优势。