在1995年，绥宁县人民政府设立了一个专门处理柘溪库区遗留问题的机构，即柘溪库区处理遗留问题办公室。这个机构具备行政管理职能，且按照公务员管理标准设立，级别为副科级事业单位。它隶属于县政府办公室的管理之下。
2000年9月，经过县机构编制委员会的决定，该机构更名为绥宁县柘溪库区移民工作局，继续承担移民相关工作。到了2006年11月，根据邵阳市机构编制委员会的批准，原有的两个移民工作机构——绥宁县柘溪库区移民工作局和绥宁县水库移民工作办公室被撤销，取而代之的是新的绥宁县移民开发局。这个机构直接由县政府管理，拥有行政管理职能，级别提升为正科级事业机构。
移民开发局的编制规模为全额拨款事业编制15名，其中包括局长1名，副局长3名，以及纪检组长1名。目前在职干部总数为14人。机构内部设有四个专门的职能股室：办公室、财务股、工程项目股和生产开发股，以确保各项工作的有效进行。