灭三族和灭九族的区别在于，灭九族比灭三族更加残忍，被牵连的人数更多。
灭三族是杀死犯人的直系亲属，主要就是自己的一族，比如有些朝代规定父亲一族、儿子一族、孙子一族为三族，也就是说犯人如果犯了这样的一个罪，其和其父亲有关系的代人（包含父亲的兄弟、姐妹以及父亲的其他亲属等等），和自己（儿子）有关系的一代人（自己的兄弟姐妹、妻子、妻子的兄弟姐妹），自己的儿女等等都要被处死。
灭九族说法一：是指父族四、母族三、妻族二。
1. 父族四：指自己一族。出嫁的姑母及其儿子、出嫁的姐妹及外甥、出嫁的女儿及外孙。
2. 母族三：是指外祖父一家、外祖母的娘家、姨母及其儿子。
3. 妻族二：是指岳父的一家、岳母的娘家。
4. 凡与被灭族者有着血缘或者近亲远戚。
5. 自己。
灭九族说法二
中国古代“抄家”和“灭族”经常是伴随使用的，目的在斩草除根完全除去复仇的实力和人脉。少康中兴“有田一成，有众一旅”就是除之不尽的后果，伍子胥与吴伐楚是灭族不彻底的结果。因此，秦始皇开始有“族诛”的酷法，先是“夷三族”，后代越来越酷，由三族、五族到九族，父三族、母三族、妻三族。株连最广的是明成祖杀方孝孺，诛其“十族”。
扩展资料：
以法制严苛著名的明清最严厉的时候也是株连九族而唐朝竟是株连数十族。因一人有罪而牵连自己父母、妻妾、儿女、亲人、朋友、邻居等等和自己有关系的人都要倒霉遭殃都要死。前文“甘露之变”王涯的族人亲朋更是倒霉、死得不痛快还要受腰斩的痛苦罪。其实唐朝藩镇互相屠杀用灭族刑已习以为常，唐朝之混乱人性之恶毒可想而之，屠族灭门惨祸在混乱的唐朝为家常便饭。
一个贵族的形成需要百年以上的时间，一次灭族相当于拔一次根。楚灭若敖氏，晋灭荀智氏，明灭方孝孺，就这样，九州内灭掉一群又一群生命，也消失了一支又一支文化。
明太祖在位三十年，病殁，享年七十一。由于太子早逝，遗诏传位于太孙允炆。方孝孺被称为明初第一大儒，且是辅佐朱元璋孙子建文帝的重臣，桃李满朝廷（其实是一大派系）。燕王朱棣打下金陵后，第一个要收服的就是方孝孺，偏偏这位老夫子一身傲骨，两次见新皇帝都是披麻戴孝、嚎啕痛哭。
朱棣低声下气请他代拟诏书（逼他表态），他只写了【燕贼篡位】四个大字。朱棣问他：“难道你不怕死吗？”方孝孺答：“要杀便杀，诏不可草。”朱棣：“难道不顾及你的九族吗？”方孝孺：“不要说九族，诛十族也不怕。”这一下皇帝火了，在方孝孺九族之外，加上“门生”“朋友”凑成十族，统统杀掉。
参考资料：百度百科——灭族