近亲结婚的危害有：后代智力低下；后代先天性的畸形，后代多基因遗传病的发病率提升。
由于近亲结婚的夫妇，从共同祖先获得了较多的相同基因，容易使对生存不利的隐性有害基因在后代中相遇（即纯合），因而容易出生素质低劣的孩子。据世界卫生组织估计，人群中每个人约携带 5 ～ 6 种隐性遗传病的致病基因。
在随机婚配（非近亲婚配）时，由于夫妇两人无血缘关系，相同的基因很少，他们所携带的隐性致病基因不同，因而不易形成隐性致病基因的纯合体（患者）。而在近亲结婚时，夫妇两人携带相同的隐性致病基因的可能性很大，容易在子代相遇，而使后代遗传病的发病率升高。
因此，根据我国目前的人口形势和医疗水平，为了尽量减少近亲结婚造成的遗传缺陷，规定直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。
“近亲”的血缘亲属与基因之间的关系如下: 一等亲缘是父女、母子或父子、母女之间的关系,有1/2基因是相同的; 二等亲缘是祖孙或同胞之间的关系,有1/4基因是相同的; 三等亲缘是伯、叔、舅或姑、姨与内外侄女、侄甥之间的关系,有1/8基因是相同的; 四等亲缘是堂姑、姨或表兄弟姐妹之间的关系,有1/16基因是相同的。
近亲结婚的潜在危害：
1、白血病。近亲结婚夫妻生育的后代比非近亲结婚夫妻生育的后代，患上白化病的可能性要高13.5倍，患上先天性鱼鳞病的概率前者是后者的63.5倍，远远的高于后者。
2、智力低下。近亲结婚夫妻所生小孩的智力问题也会受到一定程度的影响，一般近亲结婚会容易导致小孩的智力低下，出现先天异常的情况也比非近亲结婚夫妻生育的小孩要多。
3、先天畸形。近亲结婚会造成很严重的后果，比如，近亲结婚的夫妻，生育的后代很可能会早期死亡，死亡概率是非近亲结婚夫妻所生子女的三倍不止，并且近亲结婚还会使生育的小孩先天畸形率大大提高，近亲结婚夫妻所生育的子女会容易出现先天畸形的情况，小孩会出现多指或者并指等问题。
1、智力低下
近亲结婚夫妻所生小孩的智力问题也会受到一定程度的影响，近亲结婚会容易导致小孩的智力低下，出现先天异常的情况也比非近亲结婚夫妻生育的小孩要多。
2、先天畸形
近亲结婚会造成很严重的后果，比如，近亲结婚的夫妻，生育的后代很可能会早期死亡，死亡概率是非近亲结婚夫妻所生子女的三倍不止，并且近亲结婚还会使生育的小孩先天畸形率大大提高，近亲结婚夫妻所生育的子女会容易出现先天畸形的情况，小孩会出现多指或者并指等问题。
3、多基因遗传病
近亲结婚所生后代一些多基因遗传病的患病可能性也比非近亲结婚的夫妻所生后代患病可能性要大得多，近亲结婚生育的后代患上先天性心脏病或者是脊髓裂变等多基因遗传病的概率高达1.64%。
而非近亲结婚生育的子女患上这些多基因病的概率只有百分之零点五七，相比而言要低得多，而且高血压、精神分裂症、唇腭裂等疾病的发生概率也更相对更高。
由于近亲结婚的夫妇，从共同祖先获得了较多的相同基因，容易使对生存不利的隐性有害基因在后代中相遇（即纯合），因而容易出生素质低劣的孩子。即不利于优生,所生子女发病率高,可能发生不能治愈的遗传性疾病
据世界卫生组织估计，人群中每个人约携带 5 ～ 6 种隐性遗传病的致病基因。在随机婚配（非近亲婚配）时，由于夫妇两人无血缘关系，相同的基因很少，他们所携带的隐性致病基因不同，因而不易形成隐性致病基因的纯合体（患者）。
而在近亲结婚时，夫妇两人携带相同的隐性致病基因的可能性很大，容易在子代相遇，而使后代遗传病的发病率升高。
因此，根据我国目前的人口形势和医疗水平，为了尽量减少近亲结婚造成的遗传缺陷，规定直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。
在亲缘之间,由于相同的基因较多,在结婚之后致病的基因组成纯合子的机会也较多,使隐性遗传病发病率增加。每个正常人都会带有五六种隐性遗传基因。非近亲结婚形成的杂合子,带病的隐性遗传基因常被正常显性基因所掩盖,不会表现出病态。
如果是近亲结婚,在杂合子同一位置上的两个基因都是隐性遗传基因,即有1/4的可能性使两个隐性致病基因碰到一起,成为纯合子,就会发病。
1、近亲结婚会大幅度提高隐性遗传病的发病率。有资料表明，近亲结婚子代患隐性遗传病的几率是非近亲结婚子代的150倍。
2、一些多基因遗传病的发病率，近亲结婚也高于非近亲结婚。据统计，先天性心脏病、无脑儿、脊髓裂变等多基因病，近亲结婚子女发病率约为1.64%，非近亲结婚子女发病率仅为0.57%。
3、近亲结婚后代的早期死亡率和畸形率也都高。
4、近亲结婚会带来体质下降，体重减轻，身高变矮。
我国法律明确规定禁止直系血亲和三代以内的旁氏血亲结婚。近亲结婚不仅使后代中隐性遗传病的发生率提高，而且使多基因遗传病及先天畸形发生率增高。一般来说，血缘关系越近，遗传病发病率越高，血缘远的患遗传病的可能性就越小。