平衡针灸学理论主要来源于传统医学的心神调控学说和现代医学的神经调控学说。这两个调控学说阐述的就是人体内固有的自我平衡系统——大脑高级指挥系统，也是一种高度精密的自动化控制系统。这种平衡系统是天生的、高效的、自然的、神奇的、强大的，这种系统也是人类适应内外环境繁衍生息的物质基础。传统医学的心神调控学说通过阴阳五行、气血津液、脏腑经络来完成对机体子系统的管制作用；现代医学的神经调控学说是通过神经、内分泌、免疫三大系统（NEI）网络中心来完成对机体子系统的调控作用。传统医学是从宏观来认识的，现代医学是从微观来认识的，中西医学是一个有机整体，都存在一个平衡系统，只是从不同角度来进行阐述。具体讲人体的平衡系统就是人类大脑高级指挥中心对待一切事物的认识而产生的本能反应，平衡针灸学就是充分利用了人体的这个平衡系统核心原理，通过人为的外因刺激，促使患者机体达到人体自我平衡，从而达到扶正祛邪之目的。
平衡针灸还是心理学、哲学、化学、生物学、生理学、病理学、力学等多学科交叉渗透的现代针灸学，其学术思想充满了信息论、相对论、系统论、调控论、耗散结构论、矛盾论、实践论、整体论、平衡论。其理论主要从心神调控学说、神经调控学说、阴阳整体学说、心理平衡学说、生理平衡学说、生态平衡学说6个方面进行阐述。
心神调控学说 人的心理活动实质上是精神意识和思维活动，均是大脑的生理功能。中医学则把大脑生理功能活动归属于心，心既是生理上的心，又含概了大脑的思维功能。祖国医学认为，人体是一个整体，人体的各种生理功能活动统归于五脏。《素问?宣明五气论》说：;心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，肾藏志。;五脏化生五气，五气化生喜、怒、思、忧、恐五种情志。但五志过极能损伤心神，引发出神志病变，所以;愁忧恐惧则伤心;（《素问?邪气脏腑病形》），;忧愁思虑则伤心;（《素问?本病论》）。古人把心 作为0;五脏六腑之大主;，是与心藏神而主神志的功能分不开的。所以明代医家张介宾在《类经》中指出：;心为脏腑之主，而总统魂魄，并该意志，故忧动于心则肺应，思动于心则脾应，怒动于心则肝应，恐动于心则肾应，此所以五志淮心所使也;。从以上论点来看，人的大脑思维活动从现代医学讲直接影响到五脏的生理功能。心主神志的生理功能正常，则精神振奋，神志清晰，思维敏捷，能对外界信息作出及时的正常反应。相反，心主神志的生理功能异常则可出现精神意识活动的异常，思虑多梦，神志不宁，甚则谵狂，或出现反应迟钝、健忘、精神萎靡，甚至昏迷等各种病理表现。中医讲的心神调控学说是人对无数外界客观事物或现象通过大脑的思维活动进行分析判断所采取的态度反映。人类生活在社会环境中必然要进行一定的社会活动，外环境如何必然影响到内环境的平衡，它给人的心理状态、精神面貌、情绪变化及对疾病的发生发展和预后都有重大的影响。
神经调控学说 神经调控学说是以神经高级中枢指挥系统对内外事物的变化，而采取相应的应急措施来保持体内生理的相对平衡系统而称之。调控系统就是指大脑的最高指挥部和总开关。人类与高等动物都是具有形成条件反射的功能。但人类最具有高度发达的大脑皮层，有思维和语言功能，这是人类与动物在条件反射上的本质区别。实质上是人类参与社会活动后逐渐形成的这种调控功能，也就是人类通过对外界环境事物和现象进行抽象概括、产生概念、进行推理判断，做出合理正确的结论来认识一切事物，借助语言来表达思维，通过行为来进行思维活动。
机体的神经调控系统是在大脑高级中枢神经的参与下，完成对机体内外环境刺激规律的应答。科学研究发现，人的大脑高级中枢系统每分钟可接收6000万个信息，其中来自视觉信息400万个，来自触觉信息3000万个，来自听觉、嗅觉、味觉的信息600万个。这些信息都贮存在神经细胞的化学反应器上，通过感受器、 传入神经、神经中枢、传出神经、效应器来完成对环境刺激的应答。简而言之，在一定的外界刺激作用下，首先使感受器发生兴奋，兴奋以神经冲动的方式经传入神经传到中枢，通过大脑高级中枢的分析与综合作用，产生的兴奋或抑制过程再经传出神经，到达效应器的过程。平衡针灸的作用原理就是利用针刺神经干或神经支，通过神经信息高速公路传入大脑高级中枢神经系统，高级中枢神经系统对接收外界给予的较强信息立即作出应急反应，充分调动体内所贮能量物质——中枢递质，以最快的速度、最佳捷径，通过信息高速公路——传出神经和一切可利用的其他信息通道，到达病变的子系统。
阴阳整体学说 阴阳是传统医学心神调控学说的理论基础，阴阳平衡学说是一种哲学的概念，是对自然界相互关联的某个事物或现象及人的机体相互对应、相互统一、保持相对平衡的高度概括。因此阴阳是信息，是物质，是能量，是功能，是矛盾，是整体，.是平衡。按照系统制动促动原理，阴阳的功能与现代医学的交感神经与副交感神经功能是相吻合的。
从现代医学讲，阴阳的生理平衡是在大脑中枢调控系统作用下，通过大脑皮层及皮层下中枢、下丘脑体内交感中枢（阳）及副交感中枢（阴）系统完成对机体的调节管制作用。相反，大脑中枢调控系统平衡失调，造成子系统的平衡失调，甚至破坏，发展为阴阳失调的病理过程。阴阳代表了自然界的一种客观规律，是一切物质运动变化的总纲，也是贯穿于人类生、长、老、亡整个生命过程中作用的结果，进一步证明了0;人生有形，不离阴阳;（《素问?宝命全形论》）的理论。
心理平衡学说 心理平衡是指每个人通过神经调控系统对一切客观事物产生的一种正确认识和反应。人作为一种高级动物，具有高级的心理行为能力，参加社会活动，从事生产劳动，具有明显的社会属性，这是人与其它动物的本质区别所在。平衡医学研究的主体是人，人的研究主体是心理（也指人的大脑高级指挥系统），心理的研究主体是与心理因素相关的其它因素。如年龄、性别、文化、职业、遗传、体质、生活习惯、职业行为、性行为、道德规范等，都将不同程度地对心理平衡产生反效应。心理是一个复杂的系统工程，是通过人体的感觉、听觉、味觉、感受器初步接受外来刺激，迅速将刺激转换为信息，然后通过信息系统快速反馈于中枢调控系统。由于每个人的心理素质不一样，所以对待工作中的得失、同事的误解、同行的嫉妒、工作的失误、事业的挫折、亲人的亡故、无端的是非等，都会不同程度地给心理带来创伤，时间久了必将造成生理上的功能失调，甚至造成亚健康状态或器质性病变。
生理平衡学说 生理平衡学说是反映人体机能活动规律的一门科学。人体的组成由结构和机能不同的组织器官和系统构成。无论从完整的机体内在或在完整的微小细胞中，都能反应在结构上严密组织，机能上密切配合、协调，适应着生存环境的变化。人体内的这种调节机制就是生理平衡系统。具体讲这种平衡是人类进化几百万年来在地球表面生存，通过呼吸、饮食、代谢等活动，反复调节机体来适应外界环境的需要，进而使人体与地球表面物质交换和能量交换达到相对的动态平衡，例如元素平衡系统，酸碱平衡系统，体温平衡系统，体液平衡系统，免疫平衡系统，血糖、血脂、血压、生化、肝功、肾功等正常生理值的波动范围。
环境平衡学说 环境平衡主要是指生存环境，狭义上讲是指人的生态环境。生态环境广义地讲是指地球生物因素动植物和微生物之间，与非生物因素的气候、水、土、光、热之间相互赖以生存和相互制约的关系。作为以人类为主体的生物群所处的生存环境主要维活动进行分析判断所采取的态度反映。人类生活在社会环境中必然要进行一定的社会活动，外环境如何必然影响到内环境的平衡，它给人的心理状态、精神面貌、情绪变化及对疾病的发生发展和预后都有重大的影响。
