中文系，由夏中义教授（国家大学生素质教育基地主任）和谢柏梁教授（跨文化交流与研究中心主任）领导，现有教师15人，包括2位教授，9位副教授，以及4位讲师。谢柏梁教授不仅是中文系主任，他的学术成就显著，如《世界悲剧文学史》荣获全国外国文学优秀著作奖，《中国当代戏曲文学史》入选教育部优秀研究生教材。夏中义教授主编的《大学人文读本》影响广泛。
历史系成立于2003年，由曹树基教授担任系主任，8名教师拥有博士学位，涵盖3位教授，2位副教授和3位讲师。主要研究方向包括中国近现代史、中国古代史及专门史。研究室如“战争与革命”研究室，与日本学者合作，正在进行中日战争后在中国人民解放军中服务的日本技术人员调查项目。系内还计划建立“新制度史”和“环境与疾病史”研究室。
哲学系有9名教师，其中包括3位教授，4位副教授和2位讲师。近五年来，教师们发表学术论文110余篇，出版著作12部，主编和参编哲学教材8部，主持和参与多项省部级课题。王平教授担任系主任，研究领域广泛，涵盖马克思主义哲学、西方哲学等。
科学史与科学技术哲学系，简称科学史系，由12名教师组成，其中6位教授是博士生导师。近3年来，出版著作30余部，发表论文100多篇，江晓原教授的研究成果曾获奖，关增建教授的《中华文明史话·计量史话》是国内首部计量史著作。江晓原教授同时担任系主任。
上海交通大学人文学院，前身为上海交通大学人文社会科学学院，2003 年6月28日改建为人文学院。学院下设中文系、历史系、哲学系、科学史系、思想政治理论教育中心、国家大学生文科素质教育中心、艺术教育中心等。