《内经》是多种医学流派、各种学说结合的产物，表现在脏腑与神志关系的问题上，则有「心主神」与「五脏藏神」的不同。「心藏神」与「五脏藏神」理论，两者的理论内涵及立论依据不同，但也存在着一些相通之处。
中医学接受了中国古代哲学「心为思官」的认识，并结合中国社会制度传统的君臣制观念，形成了《内经》以君臣相傅论脏腑、其中心主神明，为君主之官的思想。正如《素问·灵兰秘典论》所云：「心者，君主之官，神明出焉」，「主明则下安，以此养生则寿，殁世不殆，以为天下则大昌；主不明则十二官危，使道闭塞不通，形乃大伤，以此养生则殃，以为天下者，其宗大危」；《素问·六节藏象论》云：「心者，生之本，神之变也」；《灵枢·邪客》云：「心者，五脏六腑之大主，精神之所舍也」等。不仅如此，《内经》还认为人的认知活动统领于心，如《灵枢·本神》云：「所以任物者谓之心，心有所忆谓之意，意之所存谓之志，因志而存变谓之思，因思而远慕谓之虑，因虑而处物谓之智。」故言心具有主神明、精神之功，为人体之主宰。
《内经》在继承中国古代哲学对心的认识，倡导心主神明、为君主之官的同时，又提出了「五脏藏神」的观点，如《素问·宣明五气》、《灵枢·本神》及《灵枢·九针》等指出「心藏神」、「肝藏魂」、「肺藏魄」、「脾藏意」、「肾藏志」，从五脏整体角度阐发了脏腑与神志的关系。由于五脏所对应的五神，其概念相互交叉包容、互为基础，而五神的产生与调节又是以五脏整体协调关系为基础的，故五脏藏神的含义在于把五脏看成一个整体，把神志活动(主要指认知、思维、意志过程)看成一个密不可分的整体，理解为五脏整体协调配合而完成对人认知过程的主宰作用。其五神之神、魂、魄、意、志划分为五行、归属于五脏，仅是从认知、思维、意志过程中的某些心理活动具有不同的特性出发，给予类比而成，是用五行特性对这一过程的描述，而并非是对认识、思维、意志过程的实质内容与阶段进行严格的分类。因此，这一描述可以看作是为了说明人的认知、思维、意志过程也具有五行的某些特性，并且是以所有脏腑的参与作为基础的，其实也正是强调了五脏整体协调对它的主宰作用。故可以说心主神明为君主之官的思想，反映了当时社会制度及哲学界「一元论」的思想；而以五行特性分析人体，立五脏为本，将人之神志活动分属五脏，则颇具「多元论」思想，二者当属《内经》时期不同医学流派的反映。
虽然如此，但是「心主神」与「五脏藏神」也有相通之处。
首先，两者均强调形神一体。《内经》认为神以形为基础，同时又主宰形，形与神俱才是健康之人。无论是「心主神」，还是「五脏藏神」，也均强调了这一点。前者不仅提出人的精神心理活动由心所主，而且人体之形五脏六腑亦以心为君主之官，揭示了心理与生理的统一，把心理和生理、形与神有机地整合为一体。五脏内藏精气，是产生人体神志活动的重要基础，如《素问·阴阳应像大论》所言：「人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐。」故当五脏发生虚实盛衰的变化时，会影响人的精神活动，并产生变化，故五脏藏神也是在形神一体基础上提出的理论。
其次，倡导五脏整体协调主宰神志活动。五脏藏神理论倡导的是五脏整体协调主宰神志活动，这一点无何疑义。下面着重看一下心主神明理论。
作为专门研究人体的中医学，虽接受了古代哲学有关「心主神」的认识，但究其所言物质基础，则主要在于血与脉。如《素问·六节藏象论》称心「其充在血脉」，《素问·痿论》说：「心主身之血脉」等。脉，实为行血气、营阴阳之道路，正如《灵枢·本脏》所说：「经脉者，所以行血气而营阴阳。」经脉分布于全身，内属脏腑，外络肢节，是联系全身各部之间的纽带。而经脉的一个重要功用就是传递信息，正如王洪图在《黄帝内经研究大成·经络研究》中所云：「经脉有传递信息作用，经脉就是人体各组成部分之间的信息传导网，也就是人体内讯号的传送道。」故《素问·灵兰秘典论》称其为「使道」，王冰注其云：「神气相使之道。」这样一个信息传递网、全身各脏腑形体之间的联系网由心所主，故构成了心主神明支配人体行为活动的物质基础之一。血，其主要功能是濡润滋养全身，凡皮肤、肌肉、筋骨和脏腑等一切组织器官，均赖血液以供给营养，才能维持其功能活动，正如《灵枢·营卫生会》所说：「以奉生身，莫贵于此。」《内经》认为血的生成与心有密切关系，《素问·经脉别论》云：「食气入胃，浊气归心，淫精于脉。」这里的「精」即为水谷精微经心作用而成的行于脉中之血。血色赤，而心属火色主赤，故《内经》认为「心生血」（《素问·阴阳应像大论》），《灵枢·决气》说：「中焦受气取汁，变化而赤，是谓血」，《灵枢·营卫生会》亦云：「此所受气者，泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注于肺脉，乃化为血。」若此，血亦是心主神的重要物质基础之一。脉是联系诸脏腑的道路、是传递信息的关键，心主宰脉，则是掌握著五脏间的协调关系；血是各脏腑功能活动的基础，心主血，则掌握著五脏整体活动，故可以说心主神明理论也倡导五脏整体协调主宰神志活动。
第三，二者均含重「中」思想。重「中」思想是中国传统文化的重要思想之一，其中「君者中心，臣者外体」(《文选·汉·王子渊·四子讲德论》)更是影响深远。而古人认为，人之心脏位于人体之正中(即五脏之正中)，正如《说文解字》释心时所言：「人心，土藏，在身之中」，而释其他脏腑名称时则无「在身之中」之语，故此「中」仅能理解为「正中」之意。《礼记·月令》、《吕氏春秋·十二纪》皆称：中央土「祭先心」，孔颖达疏：「中央主心」，并以心脏的解剖位置居中作释，以至于人们十分重视心，将其称为「君主之官」，为人身五脏之关键。「心主神」观念的形成与此有密切关系。五脏藏神理论虽强调的是五脏整体协调主宰神志活动，但其中也存在关键之处。我们认为「五脏藏神」理论的实质，是重在强调脾胃是其关键，其立论依据仍以脾胃居中焦、于五行属土、是五脏气机运动之中心、是五脏气机联系之枢纽为主。可见，二者虽侧重面不同，但其理论产生的思想根源却有共通之处。
综上所述，「心主神」与「五脏藏神」分属两种不同学说，各自有其理论内涵和立论根据，故既不能相互混淆、混为一谈，也不能简单地用一种理论去否定另一个理论。又由于二者具有一定的共性，故为我们深入探究脏腑与神志关系的实质、完善与进一步发展中医学神志理论提供了可行性依据。