1999年6月19日，安徽省国泰医药有限公司正式宣告成立，标志着集团的起步阶段。同年9月6日，医疗器械分公司也紧随其后，为集团增添了新的业务领域。
2002年3月18日，安徽省国泰天然植物规范种植有限公司成立，承担了国家科技部和安徽省“十五”重大科技专项研究，显示了集团在科研方面的投入和实力。同年12月17日，长江分公司成立，进一步拓展了集团的业务版图。
2003年1月18日，物流配送中心成立，同年4月29日，国泰医药一次性通过国家级GSP认证，展示了其在药品配送管理上的专业水平。8月21日，仁仁药房成为第一家托管店，连锁药房业务开始蓬勃发展，截至那时已有38家。
2003年10月16日，投资咨询公司成立，标志着集团在多元化经营上迈出了新步伐。2004年3月10日，医药超市的设立，进一步丰富了集团的产品线。6月19日，安徽国泰医药集团正式挂牌，集团规模不断扩大。
从2004年11月到2005年12月，国泰医药在蚌埠、寿县、长丰、含山、宁国、旌德、颖上、定远等地相继成立了多家医药子公司，显示了其在安徽省内的快速扩张。2006年，居巢区和旌德配送中心的成立，进一步强化了药品配送网络。
2006年到2007年，集团在肥东、广德、合肥等地的医药子公司也相继建立，显示了国泰医药在扩大业务范围和提升服务覆盖方面的持续努力。
安徽国泰医药集团是一家集药品批发、零售连锁、物流配送、中草药种植与加工为一体的大型医药企业集团。集团核心企业安徽省国泰医药有限公司是安徽省最大的民营医药企业之一。公司自1999年收购安徽省医药器械公司改制成立以来，仅七年多的时间就从一家仅有一间药品零售店和一个批发部的小公司，发展到目前年销售收入达5亿元规模的新兴企业。