1、先进的办学体制
北大附中深圳南山分校是北京大学、香港科技大学和深圳市政府三方合作的深港产学研基地的基础教育发展项目，是南山区教育局和北京大学附属中学联合创办的集小学、初中、高中为一体的寄宿制国有民办学校。国有民办学校的办学体制，与公办学校相比，优势在于学校办学主体独立性强，具有自主灵活的运行机制，可自主实施校本化管理，对社会人力资源和物力资源进行有机统整。学校在经费调度、机构设置、干部任免、师资聘任、分配制度建立、课程设置、教学的组织与指挥、招生质量和数量、办学经费的筹措与使用等方面拥有相当大的自主权，从而形成了独有的机制优势。
在办学过程中我们不断完善国有民办的办学体制，保证机制优势的有效发挥。学校提升人本理念，实行人本化管理。学校坚持“一切为了人的发展”的管理理念，实施“一切适应人的发展”的管理策略，建立“一切促进人的发展”的激励机制。尊重信任教师，以教师的发展为本。同时，学校遵循教育发展规律，实施科学化管理。建立健全了教育教学、人事计财、行政后勤、学生管理等目标体系和规章制度体系，实施全员目标管理、制度管理和信息管理。健全和完善目标管理岗位责任制。依据《北大附中深圳南山分校目标管理奖励条例》表彰先进，激励后进。建立和完善学校的分配制度。建立公正合理的工资薪金分配制度和评价激励制度，充分调动教职工的积极性。对教师工资薪金中的工作量酬金和效益奖，切实按照教师的工作性质、责任轻重、绩效大小进行分配，真正体现“多劳多酬、优质优酬、奖勤罚懒、奖优罚劣”的劳动分配原则，逐步建立科学、公正、合理的教职工工资薪金分配制度。
2、优越的教学制度
北大附中深圳南山分校是“小学、初中、高中一体化、小班制、寄宿制学校”，更有利于每一位学生在学校的精神家园里，提升文化素质，陶冶人格情操，展示个性特长，得到了最大程度的发展。
“一体化学校”。学生可以在该校连续享受6年、9年或者12年的优质教育。一方面免去了家长为孩子多次择校的苦恼；另一方面，使学校和教师能全面了解学生在每一学段的学习情况和发展过程，有利于针对每一位学生的实际学业水平，进行差异性、个性化、个别化教育；同时，同学们在一起相处9年或12年，可以结成深厚的友谊，对彼此的学习和成长都有相长和促进的作用。
实行“小班制教学”。这使教师上课能够面向每一位学生施教，使不同程度的学生都能享受充足的学习资源。
实行“全寄宿制”。学生从周一到周五全寄宿在校，从小就过集体生活。一方面减轻了家长每一天接送孩子的负担；另一方面，为学生学习知识、锻炼身体、发展特长提供了充裕的时间；同时同学们在一起过集体生活，可以建立真诚的友谊，养成良好的生活习性，培养高尚的品格和情操。
3、名校教育资源
北大附中深圳南山分校依托北大和北大附中深厚的历史底蕴和人文传统，创造性地引进两所名校先进的教育理念和丰富的教育资源。北大附中相当一批在中国基础教育界享有声望的特级教师、在本学科领域里的专家或带头人、包括外籍教师等相继来校讲学、做报告；同时，学校校还采取与北大院士面对面、与北大学子（高考状元）面对面，与北大和北大附中领导、专家、学者共同探讨学校的发展规划，邀请他们来校检查指导工作等多种方式，搭建了两地三校的信息沟通平台，实现了三所学校之间优质教育资源的共享。
4、雄厚师资力量
学校注重从全国各省、市吸纳最优秀的教育人才，实施卓有成效的校本教研和校本培训，建立了一支数量足够、素质精良、结构合理的教师队伍。现有专任教师173人，其中特级教师7人，高级教师49人，国家级、省级优秀教师9人，国家级、省级骨干教师18人，参加国家级、省级骨干教师培训25人，硕士7人，以及4名外籍教师。学校构建了“教师专业发展论坛”，每年聘请北京大学专家教授、院士来校讲学，论坛同时成为遍邀国内教育名家、同行交流的平台；展示教师智慧的“基石”---专业博客网荣获中小学特色教育主题网站全国一等奖。力量雄厚、团结和谐的名师荟萃，成为学校核心发展力和核心竞争力的强大基石。
5、智能化设施设备
学校占地面积6万平方米，基本建设投资约2.7亿元人民币。校园建筑风格魅力独特、蕴涵现代开放教育理念，各类场馆设施齐全、教育教学设备具有国内一流水准。建有风雨操场，标准田径场，音乐、美术、舞蹈专业教室，健身房，国际理解教室，心理咨询室，多功能阶梯教室，图书馆，科学报告厅等现代化教育设施；学校还投资1000多万元建成了校园网，实现了学校管理和教育教学的数字化、信息化；实现了校园管理和图书管理一卡通，学生同步学习一线通，对外开放一点通的智能化服务。每个教室都是由网络计算机、视频展台和大屏幕电视等设备构成的数字化多媒体教学环境，实现了课堂教学手段的现代化。
6、高素质学生群体
北大附中深圳南山分校是按照优质教育的标准，对每一位报名者实行全面考核择优录取的招生原则进行招生的。以2005—2006学年度招生为例，小学和初中的新生入学，都是根据学校招生计划按照报名人数的四分之一的名额经全面考核录取的。凡进入学校就读的学生均已通过了招生办全面的智力和情商的测试和考核。因此，学校是优秀学生群体的聚落，每一位学生都具有良好的学习生活习惯、广泛的学习兴趣、严谨的学习态度和优秀的个性特长。这就使每一位学生一进入学校就能融入高素质的学生群体之中，他的成功就赢在了起跑线上。
