1997年,辖9镇11乡:全州镇、石塘镇、绍水镇、庙头镇、才湾镇、黄沙河镇、文桥镇、大西江镇、龙水镇、枧塘乡、永岁乡、咸水乡、凤凰乡、安和乡、朝南乡、两河乡、白宝乡、东山瑶族乡、蕉江瑶族乡。
2000年,全州县辖9个镇、8个乡、2个民族乡。
2005年8月,撤销朝南乡,整建制并入石塘镇。2005年底,全州县辖9个镇、7个乡、2个民族乡。
2014年,广西壮族自治区人民政府批复了桂林市全州县安和乡等8个乡改为镇建制。其中全州有4个乡改为镇分别是:全州县安和乡改为安和镇、两河乡改为两河镇、凤凰乡改为凤凰镇、咸水乡改为咸水镇。
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