西宁市国家税务局设直属机构2个：稽查局、车辆购置税征收管理分局，稽查局级别为副处级，车辆购置税征收管理分局级别为正科级。
1.稽查局
组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调税收违法案件的选案、查处、审理和执行工作；受理税收违法案件的举报；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；承担金税工程发票协查工作；牵头组织税收专项检查工作。
稽查局设内设机构7个：综合科，综合选案科，检查一、二科，案件审理科，案件执行科，举报中心。级别均为副科级。
（1）综合科
负责起草税务稽查工作制度、办法和组织实施工作；负责税务稽查统计、分析、报表、报告、案件等资料的汇编、上报工作；负责组织对本系统稽查业务考核、业务培训工作；负责稽查局内部管理工作；负责有关稽查综合业务的调研工作；负责税务检查证的管理工作；负责各项稽查文书使用登记、编号管理工作。
（2）综合选案科
负责制定和组织实施稽查选案的各项工作制度、办法；负责分级分类稽查管理工作和专项检查计划报批工作；负责案源的接收、稽查任务分配和管理工作；组织、指导和协调案源的收集、整理、分类，确定选案指标及运用分析，利用计算机或人工手段分析和筛选待查纳税人，制作选案分析报告，制定检查计划；负责跟踪考核检查计划执行情况；负责案例评析工作；负责案件督办工作；负责与纳税评估的协调与衔接工作；负责组织、指导、协调税收专项检查工作并按时上报专项检查总结和报表；负责协查工作的统计分析、质量监控、协查工作报表、报告的上报和管理及各类查账软件、协查软件的升级、改版、推广应用和管理工作；负责保证金税工程协查子系统的正常运行。
（3）检查一、二科
指导、协调本系统稽查部门对税收违法案件的查处；负责稽查实施工作；负责组织各类重大税收违法案件和典型案件的查处及重大案件的协查；负责稽查建议工作。
（4）案件审理科
负责指导、管理本系统稽查部门税务违法案件的审理工作；负责稽查案卷的立卷和归档；负责本局查处的涉税案件的审理、听证、复议、移送、应诉等相关工作；负责对已查结的案件资料进行整理、归档和成果分析；负责组织对本系统稽查案件的复审复查工作；负责案例库的补充、维护工作；负责本系统稽查建议的上报备案工作；负责稽查局集体审理会议的日常工作。
（5）案件执行科
负责指导、管理本系统税务稽查查处案件执行环节的有关工作；负责本局直接查办涉税案件处理、处罚决定的送达和直接查补税款、罚款、滞纳金的监督入库工作；依法采取扣缴税款、查封、扣押等税收保全措施和拍卖商品、货物、财产等强制执行措施，阻止出境的布控工作，办理向人民法院申请强制执行有关事项；负责重大案件的上报、公告、曝光的审查报批工作和本局查处案件的公告、曝光工作。
（6）举报中心
负责本系统税收违法案件检举的管理工作；宣传、鼓励群众检举税收违法行为；负责受理、管理、处理检举材料和信访接待工作；负责转办、交办、督办检举案件；负责审核检举案件的查办情况；负责上报、通报检举事项的查办情况；负责统计、分析、上报、检举管理工作的数据情况；负责对检举人的保护、奖励工作；负责税收违法检举案件管理信息系统的管理、使用、维护工作。
2.车辆购置税征收管理分局
组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作；承担车辆税收一体化管理工作；对核定各类车辆最低计税价格提出建议；管理车辆购置税票证。
