杨方泉在其学术生涯中，发表了多篇深入探讨法学领域的论文，以下是他的主要贡献概述：
1. 在市场经济背景下的罚金刑地位，他的观点被收录在《现代法学》1995年第1期。
2. 他探讨了魏晋玄学在法律思想史中的角色，文章发表在《山东法学》1995年第2期。
3. 针对徇私舞弊罪的理论分析，他的研究成果收录在1997年《中山大学学报》法学文集中。
4. 他对跨境犯罪的二分法及其意义进行了深入研究，该论文发表于1998年《政法学刊》第2期。
5. 在《政法学刊》2002年第6期，他详细讨论了包庇纵容黑社会组织罪的问题。
6. 关于贪污罪的立法历史，他的研究成果发表在2002年《中山大学学报论丛》第6期。
7. 他深入研究了黑社会性质组织犯罪的认定与对策，论文发表在2003年《中山大学学报》第1期。
8. 法律人类学领域的研究成果，他在《学术研究》2003年第2期进行了述评。
9. 他的强奸罪研究新颖独特，专号于2003年在《法商研究》中发表。
10. 在《中山大学法律评论》第四卷2003年，他发表了关于法治视野下的刑事法网的论文。
11. 杨方泉还深入研究了清末刑法的近代化，该论文发表在2003年《现代法学》专号。
12. 对全国首例入境发展黑社会组织案的分析，他的观点出现在2004年《政治与法律》第3期。
13. 对民族习惯法面临的困境及其出路的思考，发表在2004年《中山大学学报》第4期。
14. 他的刑法法源论纲被收录在2004年《中国人民大学复印报刊资料〈刑事法学〉》第5期。
15. 在《江汉论坛》2004年第4期，他探讨了“重典治乱“的历史和现状。
16. 关于国有公司、企业人员渎职犯罪的司法适用，他的观点在2004年《学术研究》第8期有所阐述。
17. 对社会矫正本土化问题的深入思考，发表在2005年《中山大学学报》第2期。
18. 最后，他在《中国刑事法杂志》2005年第3期发表了刑法当然解释论的研究成果。