大理市国土资源局根据其职责设立了多个内设机构，具体如下：
负责局内日常协调工作，涵盖文件起草、会议组织、文电处理等秘书事务，以及信息综合、新闻宣传、信访、纪律检查等。同时，办公室还负责机关及下属机构的机构编制、人事、后勤等综合性管理工作，对外合作与交流，以及协调各部门间的工作。
主要负责起草地方性法规草案，制定执法监察和违法案件查处规定，开展法制宣传教育，并处理行政复议事宜。此外，该科室还研究和起草地方性国土资源管理政策，监督法律、规章的执行。
负责市级国土、土地利用、矿产资源保护等多方面的规划编制，并监督实施。参与城市总体规划审核，负责立项建设项目的用地预审和综合统计工作。
负责农用地管制，制定耕地保护措施，监督耕地保护和土地整治工作，确保基本农田保护和补偿制度的落实。
负责国有土地使用权的出让、划拨等工作，并对土地市场进行动态监测和管理，指导农村集体非农建设用地的流转。
负责测绘法的宣传，管理测绘市场和项目，参与土地勘测定界，以及地图编制出版的监管。
负责土地资源调查、地籍管理，土地确权、登记发证，以及调处土地权属纠纷。
负责矿产资源勘查、管理、监督和服务，包括采矿权的登记、转让，以及地质灾害的防治和监管。
负责地质环境保护和地质灾害防治，对地质遗迹进行保护和地质灾害防治工程的监督。
负责国有土地使用权出租收益的收取和监管，以及存量国有土地的管理。
承担土地、矿产资源和测绘的行政执法监察工作，查处违法案件，进行巡查监督，并配合司法机关和纪检监察机关处理相关案件。
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