陈昭常1889年中举人，1894中进士，1895年散馆签发刑部江苏司行走。1896年曾随同兵部尚书荣禄、都察院左都御史许应骙往密云查办事件，应该是得力于番禺许应骙的提携。同年，张元济发起教授新学的京师通艺学堂，陈昭常与新会张荫棠、揭阳曾习经、顺德何藻翔、番禺周汝钧共襄其事，为“酌定章程数十条”，可惜到戊戌政变时被迫停办（孙淑彦《曾习经先生年谱》）。1897年随南海张荫桓出使英国，游历俄、法、德、美、日诸国，同年以道员发往云南，到桂林时为广西巡抚、香山黄槐森所奏留，任洋务局会办。1901年春，陈昭常和同乡多人携带大量贡品千里迢迢前往西安，向慈禧太后“表忠心”，太后召见时十分感动，说他们“情词恳挚，出于至诚，深明尊君亲上之义，洵堪嘉尚”，留下了极好印象（《光绪朝上谕档》）。
1903年，陈昭常入京觐见，被袁世凯奏留赴天津随同办理商约谈判，似乎也是出于同乡香山唐绍仪的推荐。1905年任京张铁路总办，南海詹天佑任会办。1907年任吉林延吉边务督办，与日本进行“间岛”交涉，以吴禄贞为会办，采取多项有力措施，维护了“间岛”主权。1909年任吉林巡抚，任内抓获安庆新军起义首领熊成基，奉旨将熊处决。1912年民国成立，由吉林巡抚改称吉林都督。1914年去世。 1905年，袁世凯奏准修筑京张铁路，设京张铁路局于天津，以陈昭常为总办，詹天佑委会办兼总工程司。这第一条全部由中国人设计、施工的铁路，既凝聚着詹天佑的心血，也有陈昭常的领导协调之功。1907年，陈昭常卸任总办，授“副都统衔，前往吉林延吉厅与日本会勘界务。”
在日本侵略朝鲜以前，中朝边界并无纠纷。清政府继承了明朝的传统，与朝鲜以图们江为界，偶尔有些朝鲜人越界到中国沿边地带垦荒，最初将开垦地称为“垦土”、“垦岛”，音转为“间岛”。到同治年间，因朝鲜发生饥荒，垦民突然增加。吉林将军铭安、边务督办吴大澄曾拟将韩民编入珲春、敦化民籍，韩王却上书清廷，自愿“刷还韩民”，但实际无法执行。日本侵朝以后，觊觎东北利权，借机提出所谓“间岛”主权未定论。
在整个交涉过程中，“潜伏”的革命党骨干吴禄贞是交涉主力，陈昭常则掌握大方向，给予实质性支持，如增设边务公署及附属营房，修筑通往边区的公路，调动兵力增援延吉地区防务，建设巡警队伍，安抚越垦韩民等。这些决策以及跟东三省总督、中央政府的联络沟通工作，是身为总办的陈昭常才能完成的。（苏久青、苑宏光：《陈昭常与“间岛”交涉》，《北华大学学报》2008年第6期）
1909年9月4日，中日签订《图们江中韩界务条款》（亦称《间岛协约》），主旨是：中日共同认明图们江为中朝国界，允许日本设领；准朝鲜侨民在图们江北杂居，归中国地方官管辖裁判，许日本领事官听审；许日本修筑吉会路。同年11月，日本撤除“朝鲜统监府间岛派出所”，设立“间岛日本总领事馆”，又在延吉、珲春等商埠设立分馆，标志着中日“间岛案”结束。（孙艳姝、刘信君：《吴禄贞与中日“间岛案”的解决》，载《吉林建省百年纪事1907-2007》）在当时中日实力悬殊、中朝历来存在特殊关系的情况下，这是解决问题最为现实的做法。东三省总督徐世昌向朝廷大力表彰，谓陈昭常能“固我国防，主权不失，实属操纵咸宜，有功斯土”。 1908年，正当清廷召集南方各省新军举行太湖秋操的时候，传来光绪、慈禧相继下世的消息，光复会会员熊成基趁机在安庆发动新军起义，计划是占领安庆以后开赴太湖，与新军会合，除掉荫昌、端方、朱家宝等头面人物。11月19日，起义发动，参加起义新军达1000多人。谁知安徽巡抚朱家宝提前回到安庆，组织起有效抵抗，并向清廷发出电报求救。清廷组织在太湖会操的部队移师反击，光复军起义失败。熊成基辗转潜逃到了日本，加入了同盟会。
1909年9月，熊成基化名张建勋，来到东北活动。为了给革命筹措经费，鉴于日俄两国的相互仇视，熊成基准备向俄国人出售一批日本的秘密军事地图。熊成基的居停主人臧冠三是他留日同学的父亲。有一天，熊成基喝多了，向臧冠三透露真实名字，随后前往哈尔滨。又回到长春。此时正赶上海军大臣贝勒载洵抵达哈尔滨，传闻熊成基谋行刺载洵，清吏悬赏5000元缉捕。臧冠三这才知道曾在他家居住多时的人乃是钦犯，向衙门告密。陈昭常派人跟臧冠三一起到哈尔滨逮捕了熊成基。
1910年1月31日，熊成基被押往长春审讯。熊坦白承认是安庆起义总司令，但拒绝供出“同党”。审讯结束，爱好摄影的陈昭常派人给熊成基照相，熊亲自在背后题字：“熊成基被捕后之肖像”。清廷得报，令安徽巡抚朱家宝派人到吉林“验明正身。”当时，革命党人廖仲恺、林伯渠都在吉林从事地下工作，若熊成基如实招供，恐怕都难逃厄运。2月下旬，陈昭常奉旨将熊成基处决。
1912年2月熊成基遇难三周年纪念日，由光复会会长章太炎发起在吉林举行追悼会，章太炎宣读了《熊成基哀辞》，将陈昭常比之于杀害秋瑾的浙江巡抚张曾敭，“其罪视曾敭且什百，民国政建，而犹宴居东表，专镇一圻，斯实国家之耻”（《章太炎全集》第4集）。自章太炎视之，陈昭常乃民国罪人；自第三者看来，则当时各为其主，又何足深论？即如黎元洪在武昌起义前夜，也曾亲自杀死两名革命党人，事后黎氏不仅没有受到追究，还被选为军政府大元帅、民国副总统。章太炎此时声名甚著，既是革命党领袖又是著名学者，这篇演说的杀伤力极大，让陈昭常下不了台，也为日后吉林地方势力“驱陈”埋下了伏笔。 1909年7月，陈昭常就任吉林巡抚之后，一方面要应付繁重的对日、对俄交涉，另一方面则注重修明内政，增强实力，为御侮的根本之计。陈昭常振兴实业的措施成效显著，如在东北地区率先发展养蚕、缫丝，第一次在吉林创办电灯事业，其他如酿酒、豆油生产、开矿，都陆续发展起来，奠定了吉林省的实业基础。陈昭常鉴于吉林自来地广人稀，积极开展移民实边、招租垦荒，从根本上解决对边区的控制，抵制外国势力的渗透。作为翰林出身又熟悉洋务的官员，陈昭常十分重视教育，在短短数年之内，建立了初小、高小、中学、初级师范、优级师范、法政、农业、巡警、陆军小学等比较完整系统的教育体系。吉林地区传统上由满人将军、副都统按军事方式管理，民政、财政系统极不完善。陈昭常利用在内地任职的经验，逐步建立起一套完整的行政体系和官员任用考核制度。
1911年10月16日武昌起义爆发，东北三省民众要求独立的呼声甚高。陈昭常因应迅速，于1911年11月16日成立吉林保安会，吸收绅民参加，以保境安民为旗号，静观其变；接着又下令全省减免税捐，以收买人心。民国成立后，撤下龙旗，换上五色旗，吉林巡抚改称吉林都督，这种情况在民国初年实在不足为奇。在革命成功大局已定的时候，一些省份实现和平过渡，民众可免除动荡产生的痛苦，未始不是好事。此时南方民党与袁世凯集团之间，就首都定于南京还是北京论辩不休，陈昭常致电孙中山，表明立场：“总统必须于北京受任”，南京参议院北迁。南方民党发觉袁世凯势力雄厚，无法再行拖延，只好勉强接受。
陈昭常因奉旨处决熊成基一事，在革命后十分被动，不断向袁世凯请辞，为部分士绅所挽留。1913年，吉林省议会弹劾、控告陈昭常以私害公，后移交法院。北京大理院裁定陈昭常“不应由普通法院管辖”，予以驳回。6月，陈昭常再次因病请辞，袁世凯批准他辞去吉林都督，调任广东民政长。22日，就在吉林军政各界为陈昭常饯行之际，突有承法吏2人偕同法警10人，持传票准备加以拘留。经护军使孟恩远出面调停，陈昭常方得离境。
陈昭常被吉林地方人士所驱逐，一是当年奉命处决熊成基，得罪了大批革命党人；二是辛亥以后各省多出现武人当政局面，没有自己基本部队的陈昭常也难以继续立足；三是清朝倒台以后，省籍回避制度也相应作废，各省议会多希望让本省人出任长官。陈昭常走后，先由本省籍的齐耀琳接任，因与军队首领不和，也不安于位，做了没多久也被迫离开。东北地区后来出现了军阀、土匪把持政权的局面，民政、教育、实业皆难以开展，让日本人的势力迅速膨胀，武人统治恐怕要负一定的责任。
陈昭常书法、诗词兼擅，爱才若渴，幕府中胜流云集，韩国钧、邓邦述、罗复堪皆一时俊彦。陈氏虽英年早逝，其诗词仍被收录于多家选本，可见公道自在人心。陈声聪《兼于阁诗话》称“其气格风度，在疆吏中，实所罕觏”，诚非虚誉。钱仲联《清诗纪事》选陈昭常诗6首，其一《述异》痛朝鲜之亡国、感东三省之危急，诗人忧心国事，情见乎词。诗曰：
海宇纷纷角群雄，箕子千年亡旧封。
鸡林秋半忽地震，灾异惊倒百岁翁。
相传卧榻容酣睡，长夜沉沉入梦寐。
逼处潜生他族滋，振发宁非苍昊意。
从来苌叔敢违天，孤忠碧血自年年。
不知东海多深浅，要取微禽木石填。
