根据《中华人民共和国环境保护法》和《中华人民共和国自然保护区条例》规定，自然保护区由核心区、缓冲区和实验区三部分组成。对不同区域实行不同的管理方法，各保护区根据自身的环境条件，保护对象，资源分布状况等不同特点，划出相应的功能区域进行管理。
桫保区是以保护桫椤等珍稀濒危物种种群及其生态环境为主的具有科研、教学、生态旅游、多种经营、生产等多功能的综合性自然保护区，根据区内桫椤、小黄花茶及其他珍稀濒危物种分布范围，地形条件，自然资源，区内农民居住，生产生活情况，按照“全面规划、积极保护、科学管理、永续利用”的原则，将桫保区划分为核心区、缓冲区、实验区和小黄花茶保护点。 她是保护区的核心，保护区精华所在，桫椤及其它珍稀动植物和所有的生物都在这里不受任何外来干扰情况下顺其自然地生存和繁衍。本区域实行“封闭式绝对保护”，除管理人员和经批准的科研人员外，禁止一切外人进入。区内生物在这里自生自灭，自然环境顺其演变，是给子孙留下的一片净土。
核心区面积5200公顷，占桫保区面积的39.1%。位于本区域东部，与习水原始森林保护区接壤，四周均被纵横交错的山脊、断岩和原始森林包围，区内无人烟，区外数十里无人居住。这里生境良好，生态系统完整，有国家一级保护植物桫椤、红豆杉，有国家二级保护植物福建柏，三级保护植物桢楠、黄莲、八角莲、天麻、红花木莲等；国家一级保护动物云豹，二级保护动物猕猴、藏酋猴、大灵猫、小灵猫、穿山甲、水獭、苏门羚、黑熊、林麝、白鹇、红腹锦鸡、鸢、红腹角雉、白尾鹞、周鸟 号鸟 、红隼等，也在这里自由栖息。 本区是以生产试验和在保护的前提下适度开发的开放性区域，用作开发本地特有资源和产品，旨在发展保护区内多种功能，帮助社区脱贫，促进保护区建设与发展。为区内恢复自然建立新的人工生态系统，并使之在当地起示范作用。实验区在缓冲区的外围，主要位于金沙河两旁，总面积4083.1公顷，占桫保区总面积的30.7%。实验区按其功能再次划分为生活文化区，生态旅游和生产区三部分。
生活文化区位于金沙沟磨子岩（即管理处所在地），是管理人员的生活基地和外来人员的休息娱乐场所。这里按功能要求配设了相应设施和工作人员。本区面积100公顷，占桫保区总面积的0.8%。
生态旅游区包括磨子岩、甘沟、大水沟、两岔河、天生桥等景点，面积1500公顷，占桫保区总面积的11.28%。生态旅游区内依据顺其自然，与大自然相协调的原则，修建了人行步道，休息亭，管理房，停车场等相关设施。人们在这里可观赏桫椤雄姿，自然生态系统，体验回归远古古环境，饱享山川秀美景色。通过生态旅游，游客既欣赏了大自然风光，体验了人与自然的和谐统一。从中受到深动的环境教育，从而可带动两个文明建设和社区经济发展，增加桫保区收入，为自然保护事业发展提供资金。
生产区是桫保区进行科学研究，产品生产的场地，面积2200公顷，占桫保区总面积的16.59%。
