2007年5月24日,上海市闵行区人民政府办公室有关负责人证实,目前沪杭磁悬浮项目已经暂停,“主要是市里面的规划和安排,至于具体的原因目前还不清楚。”
2007年12月29日,沪杭磁悬浮上海段在上海城市规划网站进行了公示,随后,2008年1月,被改线后影响到的居民在闹市区进行游行,导致磁悬浮话题成为烫手山芋。
2008年8月,浙江省公布了浙江段建设计划,计划于2010年开工,但上海市立即予以否认,但在交通设施上,浙江与上海不衔接已有先例(例如,申嘉湖高速公路浙江段于2008年初通车,但与之相接的A15公路当时仍在建设中,2009年才通车)。
无论是沪杭客运专线的建设,还是嘉闵高架路的建设,由于其规划线位和磁浮机场联络线有较大重合,都被部分民众误认为磁浮的暗箱建设。
而远期内虹桥机场和浦东机场仍然规划预留了25分钟的直达快速轨道交通系统,但究竟是使用磁悬浮还是高速地铁(类似北京机场线的直线电机列车),甚至高速铁路动车组目前尚不明确。
虽然之后多方对沪杭磁悬浮项目有不同的说法,一般流行的说法是,由于沪杭客运专线(高速铁路)已于2009年2月26日提前动工,沪杭磁悬浮项目已经被无限期搁置,而机场联络线工程可能通过远离居民区的改线方式在适当的时机启动,但近期上海轨道交通建设资金缺口已达200亿,因此并非作为通勤用的机场联络线工程在近几年内可能仍然不会有转机。
2010年3月13日,铁道部总规划师郑健在两会新闻采访上说:“上海至杭州磁悬浮项目立项已获批复,目前正在做深化研究。”,“这也是中长期规划中唯一的一条磁悬浮线路。 ”(注:由于沪杭磁浮与沪杭客专重复,铁道部一直被认为是磁悬浮项目的积极反对者。)
2013年4月20日,浙江撤销沪杭磁悬浮交通项目建设领导小组。