兴山县水利局根据其职责设立了五个内设机构，以保障日常运营和管理:
1. 办公室（兼行政审批股）: 负责机关的日常运行，包括文电处理、会议安排、接待、机要事务、档案管理等。它还负责处理人大议案和政协提案，进行重要事项的督办，以及机关的后勤管理工作。办公室负责信息管理、保密、信访、政务公开、普法、社会治安、新闻宣传等工作。同时，负责人事、机构编制、劳动工资、教育培训以及机关党群和精神文明建设工作。
2. 水政水资源股（对外称兴山县水政监察大队）: 主要负责推动水利行业的依法行政，制定相关政策草案，指导行政许可工作并监督执行。该股还处理跨乡镇的水事纠纷，指导水政监察和执法，实施水资源管理，包括取水许可、有偿使用、水资源调查等，并负责水资源保护规划和供水水源规划。
3. 水利股（挂“农村饮水安全工程建设管理办公室”名头）: 负责农田水利建设协调，指导乡镇供水，农村饮水安全工程和节水灌溉设施的规划与管理，以及农村水利社会化服务体系的建设。此外，股内还负责水库管理，水库安全监管，以及水利工程建设的管理和质量监督。
4. 水电股（对外称为“电气化建设办公室”）: 主要负责水能资源的政策制定，管理全县水能开发和农村小水电行业，监督水电站建设，确保水电站安全，同时推动水电农村电气化和小水电代燃料项目。
5. 财务股: 负责水利行业的财务管理，制定财务制度，筹集建设资金，编制预算和资金管理，进行财务审计，征收和管理水利规费，以及国有资产管理和水利统计工作。