吉林省环境保护厅的内设机构包括多个部门，每个部门都承担着特定的环保职责。以下是详细的部门职责分工：
1. 办公室: 负责机关的日常运行，包括文电管理、会务组织、机要事务、档案管理，以及信息、安全、保密、信访、政务公开、新闻发布、财务等工作。
2. 规划财务处: 主管全省环境规划，包括功能区划和环境保护专项规划的编制与审核，环保目标责任制的实施，环保专项资金和项目的管理，以及直属单位的财务和资产管理。
3. 法规处: 起草环境保护法规和省政府规章，制定相关政策，负责文件的合法性审核，执行环境行政处罚，处理行政复议和诉讼事务。
4. 人事处(宣传教育处): 负责人事、劳动工资和机构编制管理，协管市州环保部门领导，进行环保行政体制改革和干部培训，负责机关和直属单位的离退休干部管理工作，同时负责环保宣传教育工作。
5. 科技标准处: 负责环境保护科技工作，参与规划制定，管理科研项目，推动环境保护技术的研发与推广，参与循环经济和环保产业的发展。
6. 污染物排放总量控制处: 负责主要污染物排放总量控制和排污许可证制度，制定总量控制计划，监控减排情况，进行环境统计和污染源普查。
7. 环境影响评价处: 执行环境影响评价，监督相关机构资质，对超标排放和生态破坏严重的地区暂停审批除特定项目外的建设项目。
8. 环境监测处: 制定地方环境监测制度，组织和指导环境监测，评估环境质量并进行预测预警，管理环境监测网和信息网。
9. 污染防治处: 起草污染防治法规，监督排污申报和环境管理制度，负责水体、大气、土壤等污染防治的规划和实施。
10. 自然生态保护处: 指导协调生态保护工作，编制生态保护规划，监督自然保护区的保护，负责生物多样性保护和农村生态环境管理工作。
11. 核与辐射安全管理处: 负责核安全、辐射安全监管，参与政策拟订，处理核事故和辐射环境事故，监督核材料和相关设备的管理。
12. 国际合作处: 管理环境保护国际合作与交流，提出国际问题建议，承担国际条约履约，处理涉外环保事务，管理国际合作项目。
13. 行政审批办公室: 负责环境保护行政审批事项，包括受理、审批、勘查、检测等工作，发放相关许可证，并处理行政复议和诉讼。
最后，还有专门负责机关党群工作的机关党委。