上海市商务委员会为了更好地履行其职责，内部构建了如下17个专门的部门:
办公室
综合处（研究室）
干部人事处（老干部处）
财务处
公平贸易处（法制处）
负责对外联络的外事处
市场体系构建的市场体系建设处
服务业发展的服务行业管理处
市场运行调控及副食品管理的市场运行调控处（市副食品管理办公室）
商贸行业的商贸行业管理处
维护市场秩序的市场秩序管理处
负责外贸发展的外贸发展处
国际服务贸易相关的国际服务贸易处
外资管理的外国投资管理处
外商投资促进和台港澳商务事务的外商投资促进处（台港澳商务处）
涉及机电科技产业的机电和科技产业处（市机电产品进出口办公室）
负责对外经济合作的对外经济合作处
此外，委员会还按照相关规定设立了纪检监察机构和机关党委，以保证工作的透明度和高效执行。
根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发〈上海市人民政府机构改革方案〉的通知》（厅字〔2008〕17号）的规定，设立上海市商务委员会，为市政府组成部门。根据职责，上海市商务委员会设17个内设机构。