由于合伙企业自身和外在的原因，合伙企业在会计核算、会计管理和内部会计控制等方面存在许多问题。
(一)会计核算方面存在的问题
1．企业产权与个人财产界限不清。在我国，合伙企业的所有者和经营者一般都是合伙人自己，因此合伙企业的所有权与经营权不能够像大企业那样严格地分开。尤其在乡镇合伙企业，合伙人就是经营者，企业财产与个人家庭财产经常发生相互占用的情况，他们认为企业的财产就是他们自己的，只要自己有需要就可以任意使用。例如有些合伙人将公司暂时闲置的办公桌椅搬回家使用，甚至还有一些合伙人将企业的仓库当成自己私人的车库等等，诸如此类的现象不胜枚举。这样一来就给会计核算工作带来了相当的困难。
2．会计机构与人员配备不规范。合伙企业的会计人员业务素质普遍较低，而且上进心不强，面对层出不穷的新情况常常束手无策。会计岗位设置不按《会计法》的要求，以致岗位职责不清，发生问题时互相推卸责任。据调查，当前合伙企业财会队伍知识更新滞后，核算方法及财务管理理念跟不上形势发展的需要，特别是成本意识非常淡薄。有的单位会计岗位职责不清，甚至出现出纳既管银行账，又管理债权债务的情况。
3．会计核算方法简单。目前，合伙企业只重视会计的记账、算账和报账，而忽视会计监督和会计分析。从会计数据的来源上，对原始凭证的控制不够严格，不合要求的发票、收据、甚至白条都可以报销人账；从资产的管理与核算上，集中表现为管理制度不健全，导致账实不符、账账不符，影响了资产信息的真实性；在对负债核算上，对于企业应付账款类人账时间随意性较大，导致月末对资产、负债的反映不符合真实性、及时性原则的要求；在收入成本的核算上，有些合伙人为了获得更多的经济利益需要，亏损的可以做成盈利、盈利的可以做成亏损，多计少算或少计多算现象普遍存在。
4．损益分配混乱。目前，合伙企业分配比较混乱，他们根本不按合理的顺序分配损益，相当一部分合伙企业因为收益分配问题，而最终解散。
(二)会计管理方面存在的问题
1．会计机构不健全。一方面，一些合伙企业由于自身规模很小，往往不设置会计机构，将全部会计工作委托会计事务所代理；另一方面，一些合伙企业虽然设置了会计机构，但会计机构形同虚设，无法发挥会计管理作用。
2．财会人员素质普遍较低。调查发现，除少数几家较成熟的大型合伙企业的财会人员具备较好的专业知识外，绝大部分合伙企业财会人员并非财会专业出身，没有会计专业技术职称。有不少合伙企业的财会人员上岗靠的是关系而非自己的专业水平，甚至有一部分人没有取得会计从业资格证书而非法上岗。他们对财会新规则知道很少，实际操作技术落后且更新速度慢。多数财会人员法制观念非常淡薄，他们对《会计基础工作规范》、《会计法》及其他有关法律法规了解不多，而且财经纪律自律性很差，任意变造伪造会计凭证、账簿，编制虚假会计报表。
(三)内部控制方面存在的问题
1．对内部控制制度认识不够。内部控制制度是企业各个业务部门或人员，在业务运作过程中形成的相互影响、相互制约的一种动态机制，是具有控制功能的各种方式、措施及程序的总称，它绝不等同于规章制度，也不等同于内部管理，更不是组织计划。内部控制要以有效为前提，其关键是作为内部控制制度的主体的经营者和员工。由于一些合伙企业的经营者和员工对内控制度认识上存在偏差，导致企业认识不到内部控制制度的重要作用，而造成企业的管理混乱。
2．没有内部控制制度。在我国，大多合伙企业的合伙人对会计不太熟悉也不太重视。他们只知道利润是最重要的，内部会计控制制度会妨碍他们的行为和决策。他们认为要想取得成功凭借自己对市场的判断能力和冒险精神就足够了，没有必要制定麻烦的内部会计控制制度，因此干脆就不制定。上面提到的射阳县海河镇面粉厂就没有制定内部会计控制制度，合伙人为了使企业少交所得税，故意指使会计人员少计收入，多计成本和费用。这种现象在合伙企业中普遍存在。
3．制定了内部控制制度，但形同虚设。有些合伙企业制定了完备的内部会计控制制度，但没有执行。这种情况更可怕。没有内部会计控制制度必将引起投资者、监管者的关注，相关各方会督促企业完善内部会计控制制度，并监督执行。而有制度不执行却具有很大的欺骗性，容易酿成大祸。
