是食品药品管理监督局主管，但工商局和
商务部根据各自的
法律法规也可以管理和指导药店日常经营。
零售药店在取得药品零售许可后向工商部门申请办理
营业执照，然后持营业执照办理
税务登记证。药品质量由药监局管理，工商部门对经营行为（比如欺诈消费者等）和销售冒用注册商标等行为的监管。药品广告由工商和药监部门分别负责广告行为和内容的管理。商务部门对药品好像没有什么监管职能。其实，在我国因为部门职能交叉，一个经营者可能会有多个部门按照法律法规赋予的职责和职能分工对其进行监管，都是很正常的。
拓展资料：
药监局职责：
（一）负责药品（含中药、民族药，下同）、医疗器械和化妆品安全监督管理。拟订监督管理政策规划，组织起草法律法规草案，拟订部门规章，并监督实施。研究拟订鼓励药品、医疗器械和化妆品新技术新产品的管理与服务政策。
（二）负责药品、医疗器械和化妆品标准管理。组织制定、公布国家药典等药品、医疗器械标准，组织拟订化妆品标准，组织制定分类管理制度，并监督实施。参与制定国家基本药物目录，配合实施国家基本药物制度。
（三）负责药品、医疗器械和化妆品注册管理。制定注册管理制度，严格上市审评审批，完善审评审批服务便利化措施，并组织实施。
（四）负责药品、医疗器械和化妆品
质量管理。制定研制质量管理规范并监督实施。制定生产质量管理规范并依职责监督实施。制定经营、使用质量管理规范并指导实施。
（五）负责药品、医疗器械和化妆品上市后
风险管理。组织开展药品不良反应、医疗器械不良事件和化妆品不良反应的监测、评价和处置工作。依法承担药品、医疗器械和化妆品安全应急管理工作。
（六）负责
执业药师资格准入管理。制定执业药师资格准入制度，指导监督执业药师注册工作。
（七）负责组织指导药品、医疗器械和化妆品监督检查。制定检查制度，依法查处药品、医疗器械和化妆品注册环节的
违法行为，依职责组织指导查处生产环节的违法行为。
（八）负责药品、医疗器械和化妆品监督管理领域对外交流与合作，参与相关国际监管规则和标准的制定。
（九）负责指导省、自治区、直辖市药品监督管理部门工作。
（十）完成党中央、国务院交办的其他任务。