当总公司为分公司进行采购付款时，会涉及到复杂的账务处理。首先，分公司在采购时，总公司会通过对公账户转账付款，并建立往来账户记录，这时分公司的会计分录应为：
借：应付账款-单位
贷：其他应付款-总公司
当货物入库但尚未收到发票时，分公司会暂估成本，做如下分录：
借：原材料-暂估
贷：应付账款-暂估
随后，两个月后收到发票后，会冲销之前的暂估，根据发票金额进行正式记账：
借：原材料-暂估（红字）
贷：应付账款-暂估（红字）
同时，涉及到增值税的部分，会计分录为：
借：原材料
贷：应交税费-应交增值税（进项税金）
在没有付款凭证如采购订单和总公司付款回单的情况下，复印件或传真件可以作为付款已发生的证据。对于总公司支付的其他费用，如非固定资产和在建工程等，通常会通过借款协议进行管理，具体操作方式需根据公司的财务管理规定来安排。