漳州市民族与宗教事务局的主要职能包括执行党和国家关于民族和宗教工作的相关法律法规和政策。该局负责对民族、宗教政策进行深入研究，提出政策建议，处理民族关系和宗教事务中的重大事项，保障少数民族和宗教界的合法权益。
在立法方面，该局负责起草地方性法规和政策，开展政策宣传教育，并指导县（市）区的民族宗教工作。他们致力于促进民族团结和宗教和谐，推动各部门履行民族工作职责，关注少数民族和民族地区的经济社会发展，参与相关规划的制定和监督实施。
对于宗教事务，漳州市民族与宗教事务局依法管理，保障公民的宗教信仰自由，指导县（市）区处理宗教事务，防范非法宗教活动和境外渗透，引导宗教界与社会主义社会相适应，并协助宗教团体的对外交往。
民间信仰活动的管理也是其职责之一，该局对涉及民间信仰的重大问题进行调研并提出建议，协助处理相关问题，指导民间信仰宫庙的交流活动。
此外，漳州市民族与宗教事务局还负责联系少数民族干部和宗教界人士，参与少数民族干部的培养和使用工作，以支持市委、市政府的其他工作安排。