拉卜楞寺作为藏传佛教的重要寺庙，拥有众多活佛，据统计，解放前约有近100位。这些活佛分为不同的等级，其中嘉木样和“四大赛赤”活佛系统最为知名。
第一世嘉木样·阿旺宗哲，1648年至1721年在世，是格鲁派著名学者，13岁出家，21岁赴拉萨深造，53岁时任哲蚌寺郭莽扎仓堪布。1720年，清康熙帝封他为“扶法禅师班智达额尔德尼诺门罕”，赐予金印。他的著作如《五部大论注释》在藏区享有盛誉。
第二世嘉木样·久美旺波，1728年至1791年，青海尖扎人，25岁赴藏学习，1772年乾隆帝封他为“扶法禅师班智达额尔德尼诺门罕呼图克图”。他的贡献主要在于拉卜楞寺的建设和发展。
第三世嘉木样·洛桑图旦久美嘉措，1792年至1855年，同仁县人，1798年被迎入拉卜楞寺，致力于修持和文化传承，著作有《散论总集》。
第四世嘉木样·格桑图旦旺秀，1856年至1916年，四川德格人，1900年被封为“广济掸师”，著作包括《喜饶嘉措传》和《喜金刚学院志》。
第五世嘉木样·丹白坚赞，1916年至1947年，致力于民族文化发展，国民政府封其为“辅国阐化禅师”，并资助抗战。著作丰富，对藏族文化发展有重大影响。
第六世嘉木样·洛桑久美图丹却吉尼玛，现任要职，是拉卜楞寺四大赛赤之一的代表。拉卜楞寺的“四大赛赤”包括贡唐仓、萨木察仓、霍尔藏仓和德哇仓四大活佛系统，各具威望。
拉卜楞寺不仅在宗教教育上严谨，还有独特的乐队和藏戏表演，以及丰富的绘画艺术和藏经楼的珍贵藏书。寺内保存着多个历史时期的封文和印鉴，以及众多学者的著作，是藏传佛教和文化的瑰宝。
现任寺主主嘉木样·洛桑久美·图丹却吉尼活佛，1948年出生，担任过多项重要职务，对拉卜楞寺的管理和文化传承起到了重要作用。
拉卜楞寺是藏传佛教格鲁派六大寺院之一，位于甘肃省甘南藏族自治州夏河县县城西郊，凤岭山脚下。目前拉卜楞寺保留有全国最好的藏传佛教教学体系。 1982年拉卜楞寺被列入全国重点文物保护单位。