一、作用不同
1、酒精：酒精能使细菌蛋白变性而起杀菌作用。乙醇浓度超过90%可使菌体表层蛋白质凝固，阻碍乙醇向内渗透从而影响杀菌作用。
2、碘酒：碘酒是含碘、碘化钾及乙醇。外用用于皮肤消毒。
二、性质不同
1、酒精：溶解性，是一种很好的溶剂，酒精能溶解许多物质；潮解性，酒精中具有较强的潮解性，可以很快从空气中吸收水分。
2、碘酒：碘酒具有较强的杀菌、收敛作用；刺激局部血管扩张，增强血液循环。
碘酒有强大的杀灭病原体作用，它可以使病原体的蛋白质发生变性。碘酒可以杀灭细菌、真菌、病毒、阿米巴原虫等，可用来治疗许多细菌性、真菌性、病毒性等皮肤病。
碘酒杀菌力大小与溶液的浓度及对人体组织的刺激性和腐蚀性强弱成正比。其中0.5%一1%碘酒可涂于皮肤粘膜，2%碘酒用于一般皮肤消毒及感染，如小疖疮等；3.5%一5%碘酒用于手术或打针前皮肤消毒。
涂擦碘酒对皮肤红肿还有消肿治疗作用，但注意只需涂红肿部位，范围不要扩大；对小外伤、扭伤及碰伤皮肤尚未破者不仅活血消淤，还能防止细菌感染。
参考资料来源：