阿古柏在新疆的十余年间，其军事行动被广大中国人视作明目张胆的侵略。他的统治伴随着重税和严厉的伊斯兰教法，这使得大部分新疆民众对他表示出强烈的反感，"见安集延人即杀"的口号在天山地区广为流传。
这一时期，西方国家借此机会首次能自由进入新疆。随着阿古柏政权的垮台，英国和俄国紧随其后，在喀什设立了总领事馆，借此深化了对中国西部地区的渗透和领土争夺。这些举措反映出当时国际势力对中国领土的觊觎与瓜分企图。
穆罕默德·雅霍甫（Mohammad Yaqub Beg1820年－1877年5月30日），汉名阿古柏，被中国人称为“中亚屠夫”，为中亚浩罕汗国阿克麦吉特（白色清真寺）伯克。在沙俄以及英帝国的幕后支持下，于1865年至1877年成立哲德沙尔汗国，后被清朝陕甘总督左宗棠击败。1865年至1877年率军入侵中国新疆，史称“阿古柏之乱”。